[发明专利]新型冠状病毒变异分析方法及应用

权利要求书

1.一种新型冠状病毒变异分析方法，其特征在于，包括以下步骤：

数据获取：获取高通量测序得到的基因测序数据；

数据过滤：将上述得到的基因测序数据依次进行低质量序列过滤、宿主序列过滤；

数据比对：将上述过滤后序列与2019-nCoV参考基因组进行比对，并将比对上的序列进行排序，生成位点一致性文件；

变异检测：对上述位点一致性文件进行分析，分别识别并统计点突变snp、insertion、deletion三种变异类型，并统计每个位点的基因组坐标P、总覆盖深度D、snp深度Ds、insertion深度Di、deletion深度Dd，用Dv表示Ds或Di或Dd，当Dv≥阈值N时，则判定该变异为可信的，该位点为变异位点，其中N为自然数；

坐标分析：分析变异位点坐标，当变异位点的基因组坐标P满足G_start≤P≤G_end，则该变异位点所在基因为G，其中G_start表示基因G的起始位点，G_end表示基因G的终止位点，G表示2019-nCoV的任意一个基因；

坐标校正：根据核糖体移码信息对编码区CDS原始坐标Pc’进行校正，先从注释数据库中读取变异位点所在基因的核糖体移码信息，当该基因被标记为有核糖体移码，发生移码位点的基因组坐标记为Pr，移码数记为K，则当Pc’≥Pr时，CDS坐标Pc更正为Pc＝Pc’+K，当Pc＜Pr时，CDS坐标无需更正，Pc＝Pc’；

变异注释：对上述变异位点进行注释，注释内容包括：变异位点所在基因、CDS改变、密码子改变、氨基酸改变、蛋白质改变和变异类型。

2.根据权利要求1所述的新型冠状病毒变异分析方法，其特征在于，所述变异注释步骤中，所述变异位点所在基因根据变异位点的基因组坐标P注释；

所述CDS改变注释为G:c.PcRefAlt，其中Ref表示参考碱基，Alt表示变异碱基，Pc表示CDS坐标；

所述密码子改变注释按照以下方法进行：采用mod求余函数分析CDS坐标Pc，按照mod(Pc,3)进行计算,若mod(Pc,3)＝0，则原始密码子为突变位点参考碱基及其前两位碱基，突变密码子为突变位点突变碱基及其前两位碱基；

若mod(Pc,3)＝1，则原始密码子为突变位点参考碱基及其后两位碱基，突变密码子为突变位点突变碱基及其后两位碱基；

若mod(Pc,3)＝2，则原始密码子为突变位点参考碱基及其前一位和后一位碱基，突变密码子为突变位点突变碱基及其前一位后一位碱基；

所述氨基酸改变注释根据密码子改变注释进行；

所述蛋白质改变注释为G:p.RefPPpAltP，其中RefP表示参考氨基酸，AltP表示突变氨基酸，Pp表示氨基酸坐标；

所述变异类型的注释按照以下规则：对于snp类型的变异，若突变后氨基酸未发生改变则注释为synonymous_variant，发生改变则注释为missense_variant；

对于insertion类型的变异，若CDS移码框发生改变则注释为frameshift_variant，未发生改变则注释为inframe_insertion；

对于deletion变异，若CDS移码框发生改变则注释为frameshift_variant，未发生改变则注释为inframe_deletion。

3.根据权利要求2所述的新型冠状病毒变异分析方法，其特征在于，所述氨基酸改变注释中，还对密码子内联合突变进行注释，具体为：

若mod(Pc,3)＝1，则判断Pc+1、Pc+2是否发生突变，如存在突变，则突变密码子内相应位点的碱基替换为突变后的位点；

若mod(Pc,3)＝0，则判断Pc-1、Pc-2是否发生突变，如存在突变，则突变密码子内相应位点的碱基替换为突变后的位点；

若mod(Pc,3)＝2，则判断Pc-1、Pc+1是否发生突变，如存在突变，则突变密码子内相应位点的碱基替换为突变后的位点。