[发明专利]一种smems算法的优化实现方案在审
| 申请号： | 202010094887.0 | 申请日： | 2020-02-17 |
| 公开（公告）号： | CN111354419A | 公开（公告）日： | 2020-06-30 |
| 发明（设计）人： | 田英轩;牛毅;李甫;李豪;马明明 | 申请（专利权）人： | 西安电子科技大学 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10;G16B40/00 |
| 代理公司： | 北京劲创知识产权代理事务所(普通合伙) 11589 | 代理人： | 徐家升 |
| 地址： | 710000 陕*** | 国省代码： | 陕西;61 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 smems 算法 优化 实现 方案 | ||
【权利要求书】：
1.一种smems算法的优化实现方案，具体包括以下步骤：
(1)保持原输入不变，从序列最左端开始，先向右匹配整条序列,在bwt表上寻找完全匹配，当无法继续向右延拓的时候，停止，记录当前碱基位置s1,将[0,s1]这条smem存入R；
(2)在s1位置开始，先向左匹配到终点，针对当前这条完全匹配，向右延拓到最顶端s2，更新s1为s2；
(3)重复第二步，直至s2为序列的右端点；
(4)输出所有中间匹配的结果R。
2.根据权利要求1所述的一种smems算法的优化实现方案，其特征在于：所述本算法为先反向，再正向的一次性延拓运算。
3.根据权利要求1所述的一种smems算法的优化实现方案，其特征在于：所述本算法中的逻辑为顺序执行的逻辑。
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