[发明专利]针对IGF1基因检测猪背膘厚和眼肌面积的SNP标记及引物序列

说明书

本发明公开了一种针对IGF1基因检测猪背膘厚和眼肌面积的SNP标记、引物序列及其检测方法和用途，其中，所述SNP标记位于猪参考基因组Sscrofa10.2的Chr5:81,780,255处，具有T/C多态性。本发明所述与猪背膘厚和100kg眼肌面积相关的SNP标记的确定，可以辅助选择低背膘厚和眼肌面积大的猪优势品种，缩短了育种周期，提高了育种效率和育种精度。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及与猪背膘厚和100kg体重眼肌面积相关的SNP标记、引物序列和用途。

背景技术

我国是全球第一的生猪养殖大国，也是猪肉消费量最大的国家。养猪业是国民经济的基础产业和农业经济的支柱产业，是我国畜牧业生产的重中之重。家猪的背膘厚和达100kg体重眼肌面积直接关系到瘦肉率和很多重要的生长性能，是饲养以及生产过程中最重要的关注点，直接影响整个养猪业的经济效益。

猪背膘厚和达100kg体重眼肌面积是评价种猪性能的重要性状，主要体现猪的瘦肉率和生长速度，是决定养猪效益的重要指标。为了提升猪的生产性能，加快猪遗传改良的速度，基因组选择技术愈来愈广泛应用到猪的育种中。2012年起，PIC公司等利用基因组选择技术对猪实行了早期评估，进行提早淘汰，从而提高经济性状选择的准确性，加快遗传进展，最终将猪的总体经济价值提高了35％以上。唐中林等研究表明猪H19基因上第402位单核苷酸多态性与猪达100kg体重日龄性状密切相关，并与猪达100kg体重日龄的实际测定结果一致，从而可证明该位点基因型信息对选择优良猪种有重要意义。刘欣等分析检测SSC7g.34981027C＞T多态性位点(Sscrofa10.2 Primary Assembly 7号染色体第34,981,027位碱基)信息，可对猪进行早期选育，并在实际生产中缓解了选育优良种猪时间长的问题，降低了育种费用，并有效缩短了猪达100kg体重日龄，为猪的遗传改良提供了重要的分子育种手段。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)标记是第三代分子标记，是指在基因组DNA序列上由单个碱基的突变而产生的一种多态性，这种突变包括单碱基的颠换、转换、插入和缺失。随着组学时代的到来，遗传学得到了巨大的发展和推进。很多学者通过基因组关联分析，发现了与猪100kg体重背膘厚、30-100kg体重日增重、平均日采食量和平均日采食时间等性状相关的SNPs，并定位了大量的候选基因。为了提高育种效率，T.H,Meuwissen等在2001年利用SNP标记估算了每个QTL的效应，从而获得个体的全基因组估计育种值，并提出了全基因组选择育种(Genomic selection,GS)。

因此，与猪生长性状相关的重要SNPs是实际生产和育种中的重要指标和参考数据。但是，目前缺少功能明确、效应显著且可直接用于育种的与猪背膘厚和达100kg体重眼肌面积相关的SNP标记。

发明内容

为了克服上述问题，本发明人进行了锐意研究，首次在IGF-1基因上发现了与猪背膘厚和100kg眼肌面积相关的SNP标记，具有T/C多态性，可以通过鉴定该SNP标记的不同等位基因来筛选猪背膘厚低和100kg眼肌面积大的猪个体，缩短猪育种周期，从而提高猪群的经济效益与社会价值，从而完成了本发明。

具体来说，本发明的目的在于提供以下方面：

第一方面，提供一种与猪背膘厚和100kg体重眼肌面积相关的SNP标记，其中，所述SNP标记位于IGF1基因上。

其中，所述SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列Chromosome5：81,780,255处，具有T/C多态性。

其中，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列Chromosome5：81,780,255处的SNP位点的基因型为CC的猪，相较于基因型为TT和TC型的猪，具有较低的背膘厚和较高的眼肌面积。

第二方面，提供一种用于检测第一方面所述SNP标记的引物对，其中，