[发明专利]前庭导水管扩大/Pendred综合征致病基因SLC26A4的突变检测试剂盒

说明书

本发明公开了一种前庭导水管扩大/Pendred综合征致病基因SLC26A4的突变检测试剂盒。试剂盒包括从待测样品中提取DNA的试剂、用于扩增样本DNA的PCR反应试剂、对PCR扩增产物进行测序的试剂；所述扩增样本DNA的PCR反应试剂包括PCR引物。使用本发明所述试剂盒检测患者是否存在SLC26A4基因c.2073dupT突变，从而诊断前庭导水管扩大/Pendred综合征发生的原因，该试剂盒将有利于临床上开展前庭导水管扩大/Pendred综合征患者的SLC26A4突变筛查工作，为前庭导水管扩大/Pendred综合征患者的诊断提供依据。

技术领域

本发明涉及基因检测领域，具体涉及在临床诊断前庭导水管扩大/Pendred综合征中应用的SLC26A4基因突变位点c.2073dupT(p.A693Cfs*7)分型检测试剂盒。

背景技术

1997年Everett首先报道了Pendred综合征的致病基因为SLC26A4基因。Pendred综合征表现为先天性的感音神经性耳聋，耳蜗畸形(前庭导水管扩大或Mondini畸形)合并甲状腺肿大，它的遗传方式为常染色体隐性遗传。1999年Usami在6个单纯前庭导水管扩大家庭(无甲状腺肿，无Mondini畸形)内进行SLC26A4基因全序列筛查，发现有4名患者为SLC26A4基因纯合或复合杂合突变，认为SLC26A4基因同样可以导致单纯前庭导水管扩大。2001年Campbell在6个前庭导水管扩大家系和5个Mondini畸形家系中各发现5名和4名患者存在SLC26A4基因突变，认为SLC26A4基因是颞骨畸形最主要的致病原因。由此，学者普遍认为SLC26A4基因突变可以导致Pendred综合征、单纯前庭导水管扩大或者合并内耳畸形的前庭导水管扩大。前庭导水管扩大是最常见的内耳畸形，临床表现为学语前感音神经性或混合型耳聋，有时呈波动性或渐进性。其波动性常与头部外伤、感冒有关，可伴有或不伴有眩晕。

SLC26A4基因mRNA全长4930bp，含有21个外显子，开放阅读框起始于2号外显子，全长2343bp，编码780个氨基酸的蛋白质Pendrin，主要分布于甲状腺、内耳和肾脏。Pendrin相对分子量86000，具有11个跨膜区域、5个细胞外环、5个细胞内环、胞内氨基末端和胞外羧基末端，主要由疏水性氨基酸组成，属于离子转运体家族。研究表明其功能主要与碘/氯离子转运有关。Yang J等学者认为，SLC26A4基因突变可引起Pendrin蛋白功能障碍，氯离子转运障碍，导致内耳淋巴液流动异常，结果使前庭水管扩大，内淋巴管内压上升，内耳毛细胞受损和听神经萎缩，最终影响听力。还有研究表明Pendrin蛋白参与协调内耳的发育，在基因水平上，它均有连接同源异形盒与转录因子的功能。

SLC26A4基因目前发现的突变达120多种，遍布于各个外显子或其侧翼序列；其中错义突变占了绝大部分，此外还有剪接位点突变与框移突变。而且患者的基因型也多种多样，可以表现为一致的纯合状态，也可以是任意两种突变的组合，即表现为复合杂合状态，充分体现了突变类型的个体化，也提高了发现新的突变位点的难度。

由于SLC26A4基因突变种类多样，且在不同种族间呈现出明显的多样性，不同地域、种族的优势等位基因有所不同，所以发现不同地域人种各自所特有的突变位点显得尤为重要。

中国专利CN109355374A、CN109536602A、CN109680057A已经公开了用于检测SLC26A4基因c.368CT、c.1656TG、c.85GA突变的试剂盒，但由于不同位点的独立性(c.368CT、c.1656TG、c.85GA分别位于SLC26A4基因的第4、15、2号外显子上，且无连锁关系)以及前庭导水管扩大患者的遗传异质性，应用以上的试剂盒尚无法检测出c.2073dupT位点(位于18号外显子)。

发明内容

本发明的目的在于提供一种前庭导水管扩大/Pendred综合征致病基因SLC26A4的突变检测试剂盒。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：