[发明专利]一种基于PCR-MS质谱扫描鉴别伊蚊种类的方法有效
申请号: | 202010056713.5 | 申请日: | 2020-01-19 |
公开(公告)号: | CN111334583B | 公开(公告)日: | 2023-03-31 |
发明(设计)人: | 曹晓梅;张晓龙;杨宇;李颖;刘莹莹;王怀远 | 申请(专利权)人: | 中国检验检疫科学研究院 |
主分类号: | C12Q1/6888 | 分类号: | C12Q1/6888;C12Q1/686;C12Q1/6872 |
代理公司: | 北京慕达星云知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 11465 | 代理人: | 王敏 |
地址: | 100000 北京市大*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 pcr ms 扫描 鉴别 种类 方法 | ||
1.一种基于PCR-MS质谱扫描鉴别伊蚊种类的方法,其特征在于,包括下述步骤:
1)建立伊蚊基因数据库:通过BOLDSYSTEMSDNA条形码数据库和NCBI DNA数据库,获得伊蚊基因序列;
2)建立伊蚊DNA二维码:通过Sequencher5.3软件聚类分析伊蚊基因序列,选取种类特异性的单核苷酸多态性SNP为靶标,建立伊蚊DNA二维码分形图;
3)多重PCR-MS引物设计:基于伊蚊DNA二维码分形图,使用MassARRAY AssayDesigner4.0软件,设计多重PCR特异性引物和探针;所述多重PCR特异性引物和探针如SEQID NO.1~SEQ ID NO.54所示;
4)多重PCR-MS质谱扫描:提取待测伊蚊的基因组,并依次进行前PCR反应、SAP酶处理、单碱基延伸和质谱分析,得出待检测伊蚊的具体种类。
2.根据权利要求1所述的一种基于PCR-MS质谱扫描鉴别伊蚊种类的方法,其特征在于,步骤4)中,以Complete PCR Reagent试剂盒进行前PCR扩增,PCR扩增的体系为:
试剂 体积
H2O HPLC grade 1.3µL
10×PCR Buffer含20mMMgCl2 0.5µL
25mM MgCl2 0.4µL
25mM dNTP mix 0.1µL
1µM Primer mix 0.5µL
5U/µLhot star Taq polymerase 0.2µL
总体积 3.0µL;
反应程序为:
3.根据权利要求2所述的一种基于PCR-MS质谱扫描鉴别伊蚊种类的方法,其特征在于,步骤4)中,以Complete PCR Reagent试剂盒进行SAP酶消化,SAP酶处理的过程包括:
步骤一取出PCR反应产物,4000rpm离心l min;
步骤二取出SAP反应试剂,试剂融化后,涡漩振荡20秒后掌式离心机离心l min;
步骤三配制SAP反应MIX:
试剂 体积
H2O 1.53µL
10×SAP Buffer 0.17µL
1.7U/µLSAP enzyme 0.30µL
总体积 2µL;
步骤四在384孔微量滴定板的每孔中加入2µL的SAP混合物,封口,混匀,并在4000rpm下离心1 min;
步骤五将离心后的滴定板在37℃ 40min;85℃ 5min下孵育,然后4℃保存。
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