[发明专利]分析细胞的方法

说明书

本公开内容提供了用于样品处理和分析的方法。分析多个细胞的方法可以包括提供多个细胞，所述多个细胞来源于多个受试者的细胞，所述多个细胞包含核酸分子，所述核酸分子包含将它们鉴定为来源于所述多个受试者中的受试者的条形码序列。可以对来源于多个细胞的多个核酸分子的核酸分子进行测序以提供多个测序读取，并且可以对所得的测序读取进行处理以将多个测序读取的子集与受试者相关联。

交叉引用

本申请要求于2018年7月13日提交的美国临时专利申请序列号62/697,972和于2018年7月27日提交的美国临时专利申请序列号62/711,444的权益，其各自通过引用整体并入本文。

背景技术

仅过去十年，核酸测序技术就将基因组成本降低了1,000倍以上。这些技术改进是通过将相机、合成测序和脱氧核糖核酸(DNA)在基底上的克隆扩增等进步结合起来实现的。这种高度可平行化的方法称为下一代测序(NGS)，它推动了从农业到成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)领域的发现和创新。此类创新促进了遗传分析和基因型与表型之间的关联的鉴定。然而，此类分析的复杂性和费用仍然很高。

发明内容

本文认识到需要提供分析细胞和核酸分子的改进方法。本文所述的方法可以促进鉴定细胞和/或细胞所来源的受试者内的基因型与表型之间的关联。这些方法可能涉及分析来自多个受试者的细胞，这些细胞带来了代表性数量的遗传多样性。此类方法利用合并筛选测定法和计算稀疏推理中的实验进展来提高此类测定法的通量和多路复用能力，在一些情况下，它们提高几个数量级。本文提供的方法可允许同时进行多个过程，包括例如，细胞衍生、基因分型、微扰和表型分析。

一方面，本公开内容提供了一种分析多个细胞的方法，包括：(a)提供多个细胞，所述多个细胞来源于多个受试者的细胞，其中所述多个细胞包含多个核酸分子，并且其中所述多个核酸分子包含多个条形码序列；(b)对来源于所述多个细胞的所述多个核酸分子的核酸分子进行测序，从而产生与所述多个核酸分子相对应的多个测序读取，其中所述多个测序读取的一部分包括所述多个条形码序列；(c)处理所述多个测序读取，所述多个测序读取包括所述多个条形码序列；以及(d)使用所述多个条形码序列中的条形码序列将所述多个测序读取的子集与所述多个受试者中的受试者相关联，其中，在(b)之前，所述多个细胞是在大量生长环境中增殖所述多个受试者的所述细胞时产生的。

在一些实施方案中，所述多个核酸分子的子集包含所述多个条形码序列。在一些实施方案中，所述多个条形码序列相对于所述多个细胞是内源的。在一些实施方案中，所述方法还包括，在(a)之前，将所述多个条形码序列掺入所述多个细胞的所述多个核酸分子中。在一些实施方案中，所述多个条形码序列通过转导掺入所述多个细胞中。在一些实施方案中，使用病毒载体、转染、同源重组整合、农杆菌介导的基因转移、抗体缀合的寡核苷酸或游离型载体将所述多个条形码序列掺入所述多个细胞中。

在一些实施方案中，所述多个条形码序列中的所述条形码序列包含1个碱基至1000个碱基。在一些实施方案中，所述多个受试者包括多个人类受试者。在一些实施方案中，所述多个受试者的身份被加密或模糊化。

在一些实施方案中，所述多个细胞来源于体液。在一些实施方案中，所述体液包括血液、血浆、尿液、汗液或唾液。在一些实施方案中，所述多个细胞包括皮肤细胞或毛细胞。在一些实施方案中，所述多个细胞包括植物细胞。在一些实施方案中，所述植物细胞来源于植物的叶或根。