[发明专利]一种快速选择繁殖用肉牛系祖的方法

说明书

本发明涉及一种快速选择繁殖用肉牛系祖的方法，属于肉牛选育技术领域。本发明中的快速选择繁殖用肉牛系祖的方法，综合利用基因组信息、亲缘关系、聚类分析和表征数据等对群体进行分群和个体选择，可用于系祖建系法选育肉牛新品系并避免近亲交配。本发明方法的有益效果是：第一，本发明基于全基因组数据计算待选群的遗传距离，计算结果准确可靠；第二，本发明依据遗传距离进行聚类分析，可对群体进行准确、快速的分群，为选育过程中避免近亲交配提供理论依据；第三，本发明结合基因型和表型数据确定系祖，选择更加高效准确；第四，本发明能快速确定系祖所在亚群，解决近交衰退的问题。

技术领域

本发明涉及一种快速选择繁殖用肉牛系祖的方法，属于肉牛选育技术领域。

背景技术

肉牛产业对于改善居民膳食结构发挥着重要作用，我国肉牛育种历史悠久，目前多采用传统育种方法，即根据表型性状进行选育。这种方法在选育过程中一方面根据性状特征，一方面也要依据系谱信息，以避免近交衰退和维持遗传多样性。但是，生产实践中常常存在系谱记录不全甚至无系谱的情况，导致选育的不准确。而且仅依据表型选育，不考虑基因型数据，造成选育的不准确和效率低。

此外，在本品种选育过程中，品系繁育技术在世界肉牛育种中扮演重要角色，尤其是以培育专门化品系为前提的配套系繁育。对群体进行分群并选出具有优势特征的系祖是进行系祖建系法选育专门化品系的前提，随后为突出优异特性需要系祖与没有亲缘关系的母畜进行同质选配。系谱信息不清晰的情况下，这些工作的开展就会遇到阻碍。

发明内容

本发明的目的是提供一种快速选择繁殖用肉牛系祖的方法，在缺乏系谱信息时，也能够快速的对于肉牛进行选育。

为了实现上述目的，本发明所采用的技术方案是：

一种快速选择繁殖用肉牛系祖的方法，包括如下步骤：

1)对待选育牛个体进行全基因组单核苷酸多态性标记(SNP)开发；

2)针对12-36月龄生长性状，根据个体表型和基因型数据进行全基因组关联分析，获得与目标性状显著相关的SNP标记；针对每一个显著的SNP，在公畜中计算该SNP优异等位基因的加性效应值，并根据加性效应值计算每个公畜的个体参考值；采用与公畜相同的方法计算母畜的个体参考值；

3)根据个体参考值对所有公畜进行排序，选择排名最高且12-36月龄生长性状最优的公畜个体作为公畜系祖；根据个体参考值对所有母畜进行排序，选择个体参考值排名靠前且12-36月龄生长性状优秀的母畜个体作为备选母畜，与公畜系祖进行同质选配。

其中，牛的12-36月龄生长性状越优说明牛的生长状况越好。本发明中的快速选择繁殖用肉牛系祖的方法，综合利用基因组信息、表征数据等对群体进行分群和个体选择，可用于系祖建系法选育肉牛新品系，提高选育的效率和准确性。

优选的，根据公畜和母畜个体全基因组的基因型数据，计算个体间的遗传距离；根据遗传距离将所有个体进行聚类分析，根据分析结果将待选育牛个体分成5-10个组；在选出公畜系祖后，记录该个体所在分组，并判定与该组聚为一类的群组；母畜避免在公畜系祖所在组和与其聚为一类的群组中选择，进而选择出其他组中个体参考值排名靠前且12-36月龄生长性状优秀的母畜个体作为备选母畜。

本发明中基于遗传距离将牛进行聚类，在选择母牛时，选择离公牛遗传距离较远的组中进行选择，可以避免近亲交配，解决近交衰退的问题。具体的，计算个体间的Nei’s遗传距离，利用最长距离法根据个体间的Nei’s遗传距离对所有个体进行聚类分析。

在判定与公畜系祖所在组聚为一类的群组时，基于以下标准：在聚类分析的树状图中，组的上一级分类即为群组。上述标准中，引入群组的概念，在树状图中将公畜系祖所在组的上一级分类表示为群组，备选母畜不在与公畜系祖属于同一群组的组中选择。本发明的方法能快速确定公畜系祖所在亚群，并选出遗传距离较远的母畜，解决近交衰退的问题。