[发明专利]评估罹癌个体的方法及罹癌个体样本中生物标记的用途

说明书

本发明的名称为评估罹癌个体的方法及罹癌个体样本中生物标记的用途。本发明揭露评估罹癌个体是否适用抗癌药物的方法，其包括：抗癌药物为周期蛋白依赖型激酶抑制剂，方法包括：(1)以活体外检测罹癌个体的活体外样本的第一基因的拷贝数及第二基因的拷贝数，借此分别得出第一基因拷贝数变异值与第二基因拷贝数变异值，由第一基因拷贝数变异值及第二基因拷贝数变异值得出拷贝变异数比值(CNV比值＝CNV第一基因/CNV第二基因)。其中第一基因可翻译出“细胞周期素”，且第二基因可翻译出“周期蛋白依赖型激酶抑制蛋白”。以及(2)由拷贝变异数比值评估罹癌个体是否适用CDK抑制剂。本发明同时揭露一种罹癌个体的活体外样本中的生物标记用于制备诊断组合物的用途。

【技术领域】

本发明是关于一种血浆中基因拷贝数变异的生物标志，特别关于一种将血浆中基因拷贝数变异作为生物标志用于对鼻咽癌和其它癌症用药指引。

【背景技术】

目前已知正常人类体细胞内染色体皆为二倍(二倍体，diploid)，除了性染色体上的基因，其它对偶基因其的拷贝数(copy number)应为二。但在癌细胞中，某些基因的拷贝数会有扩增(amplification)(拷贝数大于2)或缺失(deletion)(拷贝数小于<2)的现象。

癌细胞的重要特征是不断生长且不受调控，其原因之一是调控细胞周期的基因拷贝数变异(copy number variation，CNV)，癌细胞中常有CNV变异的基因，有促进细胞生长细胞周期素D1(cyclin D1，CCND1)基因的扩增和抑制细胞生长周期蛋白依赖型激酶抑制蛋白(cyclin dependent kinase inhibitor 2A/p16，CDKN2A/p16)基因的缺失。目前已知在癌症病人的周边血可侦测到癌细胞的游离DNA(cell free DNA，cfDNA)，这些癌细胞的游离DNA往往带有特定DNA的突变，因此可作为鉴别癌症的指标。

此外，目前已有主要用于转移性乳癌的核准标靶药物CDK抑制剂，针对于转移性乳癌病患使用，以达抑制癌细胞生长。然而，这些药物并非对每个癌症患者都具有抑制癌细胞生长的功效。

因此，现仍亟需精准及快速筛选适合使用此类癌症标靶药物的患者，以作为CDK抑制剂药物精准的个人用药建议评估的方法。故而，如何在施用CDK抑制剂之前，经由癌症患者的活体外样本，筛选适用此药物的患者，以避免治疗效果受限或耗费患者时间及金钱，已成为重要的课题之一。

【发明内容】

鉴于上述课题，本发明的目的在于发展出评估癌症病患是否适合使用标靶药物的方法以及将罹癌个体活体外样本中的生物标记用于制备诊断组合物的用途。本发明的方法用于检测癌症病患活体外样本，以分别侦测CCND1基因和CDKN2A基因的基因拷贝数变异(copy number variation，CNV)，进而计算CCND1基因和CDKN2A基因的“CNV比值”，用CNV比值作为评估癌细胞的细胞周期的调控是否有问题，用来评估许可的癌症标靶药物，例如“抑制细胞周期药物”(cell cycle inhibitors)是否适合用于此癌症病患。

于是本发明提供一种评估罹癌个体是否适用抗癌药物的方法，其中抗癌药物为“周期蛋白依赖型激酶抑制剂”(CDK inhibitor)，方法包括：于活体外检测罹癌个体的活体外样本中的第一基因的拷贝数及第二基因的拷贝数，借此分别得出第一基因拷贝数变异值与第二基因拷贝数变异值，由第一基因拷贝数变异值及第二基因拷贝数变异值得出拷贝变异数比值，其中第一基因可翻译“细胞周期素”(cyclin)，且第二基因可翻译“周期蛋白依赖型激酶抑制蛋白”(cyclin dependent kinase inhibitor，CDKN)；以及由拷贝变异数比值评估罹癌个体是否适用CDK抑制剂。