[发明专利]一种用于检测病原体的引物和探针的设计方法

权利要求书

1.一种用于检测高危型HPV的引物和探针的设计方法，其特征在于：包括以下步骤：在为HPV31、HPV33、HPV 35、HPV52和HPV58设计上下游引物和探针时，选择HPV31、HPV33、HPV35、HPV52和HPV58在E1基因上比较高的同源性区域，让HPV31和HPV35共用下游引物，HPV33、HPV52和HPV58共用下游引物，同时这5种高危型HPV共用一条探针；在为HPV45和HPV59设计上下游引物和探针时，选择HPV45和HPV59在E2基因上比较高的同源性区域，让HPV45和HPV59共用一条探针；在为HPV39和HPV68设计上下游引物和探针时，选择HPV39和HPV68在E2基因上比较高的同源性区域，让HPV39和HPV68共用上游引物、下游引物和一条探针；在为HPV26、HPV51和HPV82设计上下游引物和探针时，HPV26、HPV51和HPV82在E2基因上比较高的同源性区域，让HPV51和HPV82共用上游引物，HPV51、HPV82和HPV26共用下游引物和一条探针；在为HPV53、HPV56和HPV66设计上下游引物和探针时，选择HPV53、HPV56和HPV66在E7基因上比较高的同源性区域，让HPV56和HPV66共用上游引物，HPV56、HPV66与HPV53共用一条探针。

2.如权利要求1所述的设计方法，其特征在于，让为HPV31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68、26、53、66、73和82这16种高危型HPV设计的探针共用相同的荧光报告基团。

3.如权利要求1所述的设计方法，其特征在于，所述方法还包括以下步骤：针对HPV16和HPV18在L1基因上的序列差异，分别设计一对上下游引物和一条探针，让为HPV16设计的探针和为HPV18设计的探针具有不同的荧光报告基团。

4.如权利要求3所述的设计方法，其特征在于，所述HPV16的探针和HPV18的探针的荧光报告基团与所述HPV31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68、26、53、66、73和82这16种高危型HPV的探针的荧光报告基团均不相同。

5.如权利要求1所述的设计方法，其特征在于，在设计HPV31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68、26、53、66、73和82的上下游引物和探针之前，依据HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68、26、53、66、73和82共18种高危型HPV亚型的DNA序列，绘制它们的进化树，确定这18种高危型HPV亚型的亲缘关系。

6.如权利要求1-5之一所述的设计方法，其特征在于，所使用的每条探针的荧光报告基因选自FAM、TET、VIC、JOE、HEX、Cy3、Cy3.5、Cy5、Cy5.5、TAMRA、ROX、Texas Red、LC RED640或LC RED705。

7.如权利要求1-5之一所述的设计方法，其特征在于，所使用的每条探针的淬灭基团选自BHQ0、BHQ1、BHQ2、BHQ3、Dabcyl、Eclipse或NFQ。

8.一种检测病原体多种亚型的引物和探针的设计方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)分析和确定不同亚型之间具有较高同源性区域的基因；(2)按具有较高同源性区域的基因，将所述多种亚型分为不同的检测组；(3)针对步骤(1)中选择的基因以及步骤(2)中的检测组，让检测组中的至少两种亚型共用一条上游引物，或一条下游引物，或一条探针。

9.根据权利要求8所述的设计方法，其特征在于，还包括在步骤(1)之前还包括绘制不同亚型的进化树，以确定不同亚型的亲缘关系。

10.根据权利要求8至9之一所述的设计方法，其特征在于，所述病原体为HPV，在为HPV31、HPV33、HPV 35、HPV52和HPV58检测组设计上下游引物和探针时，选择HPV31、HPV33、HPV 35、HPV52和HPV58在E1基因上比较高的同源性区域，让HPV31和HPV35共用下游引物，HPV33、HPV52和HPV58共用下游引物，同时这5种高危型HPV共用一条探针；在为HPV45和HPV59检测组设计上下游引物和探针时，选择HPV45和HPV59在E2基因上比较高的同源性区域，让HPV45和HPV59共用一条探针；在为HPV39和HPV68检测组设计上下游引物和探针时，选择HPV39和HPV68在E2基因上比较高的同源性区域，让HPV39和HPV68共用上游引物、下游引物和一条探针；在为HPV26、HPV51和HPV82检测组设计上下游引物和探针时，HPV26、HPV51和HPV82在E2基因上比较高的同源性区域，让HPV51和HPV82共用上游引物，HPV51、HPV82和HPV26共用下游引物和一条探针；在为HPV53、HPV56和HPV66检测组设计上下游引物和探针时，选择HPV53、HPV56和HPV66在E7基因上比较高的同源性区域，让HPV56和HPV66共用上游引物，HPV56、HPV66与HPV53共用一条探针。