[发明专利]用于检测体细胞结构变体的方法和系统

权利要求书

1.一种检测镶嵌结构变体(SV)的计算机实现方法，包括：

使用一个或多个计算设备确定一个或多个样本的总等位基因强度和相对等位基因强度，其中确定所述总等位基因强度和相对等位基因强度包括确定总等位基因频率和相对等位基因频率，其包括将基因型强度数据转换为logR₂比(LRR)和B等位基因频率(BAF)值；

使用所述一个或多个计算设备掩蔽所述一个或多个样本的每个样本中的组成性区段重复，其中掩蔽所述组成性区段重复包括使用所述一个或多个计算设备对观察的定相BAF偏差(pBAF)进行建模并且其中对所述观察的pBAF进行建模通过使用第一隐Markov模型(HMM)以对应于pBAF值的状态跨个体染色体进行建模来执行；

使用所述一个或多个计算设备鉴定所述一个或多个样本中每个样本的镶嵌SV事件的假定集，其中鉴定镶嵌SV事件的所述假定集包括使用第二HMM并且其中所述第二HMM通过代表给定镶嵌SV事件内平均|ΔBAF|的单一参数进行参数化；以及

至少部分基于对所述镶嵌SV事件的假定集应用似然比检验，使用所述一个或多个计算设备对所述一个或多个样本的每个样本定义一个或多个镶嵌SV事件。

2.如权利要求1所述的方法，还包括使用所述一个或多个计算设备对所述一个或多个样本中每个样本的每个鉴定的镶嵌SV事件的染色体位置进行定位。

3.如权利要求2所述的方法，还包括使用所述一个或多个计算设备确定所述一个或多个样本中每个样本的每个鉴定的镶嵌SV事件的拷贝数。

4.如权利要求1所述的方法，其中所述第一隐Markov模型(HMM)是25-状态隐Markov模型(HMM)。

5.如权利要求1所述的方法，其中所述第二HMM是3-状态HMM。

6.如权利要求5所述的方法，其中对每个鉴定的镶嵌SV事件的所述染色体位置进行定位包括从所述3-状态HMM的后部采集5个样本并基于所述5个样本的一致性确定每个SV事件的边界。

7.如权利要求1所述的方法，还包括使用所述一个或多个计算设备检测每个鉴定的镶嵌SV事件的多个亚克隆事件。

8.如权利要求7所述的方法，其中检测多个亚克隆事件包括使用Viterbi解码在51-状态HMM上用范围从0.01至0.25的|ΔBAF|水平以乘性增量对每个鉴定的镶嵌SV进行重新分析。

9.如权利要求8所述的方法，还包括选择掩蔽区域，这包括计算通过所述HMM的Viterbi路径和检查非零态的毗连区。

10.如权利要求9所述的方法，其中所检测的一个或多个SV事件包含选自表13的一个或多个SV事件。