[发明专利]用于表征与微生物相关联的阑尾相关病症的方法和系统

权利要求书

1.一种用于表征与微生物相关联的阑尾相关病症的方法，所述方法包括：

基于来自于一组受试者相关联的样本的微生物核酸，确定与该组受试者相关联的微生物序列数据集，其中所述样本包括至少一个与阑尾相关病症相关联的样本；

为该组受试者采集与阑尾相关病症相关联的补充数据；

基于所述微生物序列数据集，确定一组微生物组特征，所述组微生物组特征包括一组微生物组组成特征和一组微生物组功能特征中的至少一种；

基于所述补充数据和该组微生物组特征，生成阑尾相关表征模型，其中，所述阑尾相关表征模型与所述阑尾相关病症相关联；

基于所述阑尾相关表征模型，为使用者确定所述阑尾相关病症的相关表征；和

基于所述阑尾相关表征，向所述使用者提供助于阑尾相关病症改善的疗法。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述样本包括与肠道部位相关联的第一部位特定样本；其中，基于所述微生物序列数据集，确定该组微生物组特征，该组微生物组组成特征包括肠道部位和奈瑟球菌科(科)、粘液奈瑟球菌(种)、嗜性聚集杆菌(种)、单形拟杆菌(种)、普通拟杆菌(种)、狄氏副拟杆菌(种)、巨球型菌属(属)、变形菌门(门)、微球菌科(科)、嗜热链球菌(种)、副血链球菌(种)、孪生球菌属(属)、梭菌属(属)、龋齿放线菌(种)、放线菌目(目)、放线菌科(科)、β-变形菌纲(纲)、麻疹孪生球菌(种)、罗思氏菌属(属)、弯曲乳杆菌(种)、假单胞杆菌目(目)、草酸杆菌科(科)、伯克霍尔德氏菌目(目)、孪生球菌属933-88(种)、微球菌目(目)、产酸拟杆菌(种)、艰难杆菌属(属)、拟杆菌属AR20(种)、拟杆菌属AR29(种)、伯克霍尔德氏菌科(科)、丹毒丝菌科(科)、黄单胞菌目(目)、假单胞菌科(科)、放线菌属Hal-1065(种)、肠道罗斯拜瑞氏菌(种)、紫单胞菌科(科)、沙特尔沃思菌属(属)、梭菌纲(纲)、梭菌目(目)、消化链球菌科(科)、消化球菌科(科)、肉杆菌科(科)、小杆菌属E2_20(种)、奈瑟球菌目(目)、巨球型菌属Cl(种)、Moryella(属)、互养菌门(门)、丹毒丝菌纲(纲)、丹毒丝菌目(目)、梭菌目科XIII.未知种(科)、罗斯拜瑞氏菌属11SE39(种)、拟杆菌属D22(种)、互养菌纲(纲)、互养菌目(目)、互养菌科(科)、乳杆菌属TAB-22(种)、黄杆菌属(属)、萨特氏菌科(科)、厌氧棒状菌属5_1_63FAA(种)、链球菌属2011_Oral_MS_A3(种)、韦荣氏球菌属2011_Oral_VSA_D3(种)、大芬戈尔德菌属S9AA1-5(种)、弗氏杆菌属(属)、葡萄球菌属3348O2(种)、消化梭菌(属)、肠杆菌属(属)、不动杆菌属(属)、克雷伯氏菌属(属)、多形拟杆菌(种)、丁酸弧菌属(属)、坏疽梭杆菌(种)、草螺菌属(属)、织片草螺菌(种)、片球菌属(属)、大芬戈尔德菌(种)、blautia hansenii(种)、粪肠球菌(种)、乳酸乳球菌(种)、芽孢杆菌属(属)、艰难梭菌(种)、Blautia coccoides(种)、多枝梭菌(种)、融合魏斯氏菌(种)、植物乳杆菌(种)、副干酪乳杆菌(种)、青春双歧杆菌(种)、短双歧杆菌(种)、齿双歧杆菌(种)、动物双歧杆菌(种)、假小链双歧杆菌(种)、卵形拟杆菌(种)、泪腺嗜胨菌(种)、阴道厌氧球菌(种)、拉恩氏菌属(属)、沃氏嗜胆菌(种)、Sneathia sanguinegens(种)、解琥珀酸菌属(属)、孢杆菌属(属)、瘤胃假丁酸弧菌(种)、魏斯氏菌属(属)、粪便拟杆菌(种)、鼠李糖乳杆菌(种)、泛菌属(属)、霍尔德曼氏菌属(属)、丝状霍尔德曼氏菌(种)、嗜热厌氧菌目(目)、没食子双歧杆菌(种)、白痢双歧杆菌(种)、明串珠菌科(科)、迟缓埃格特菌(种)、乳头状杆菌(属)、粪厌氧棒杆菌(种)、Pseudoflavonifractor capillosus(种)、厌氧杆菌属(属)、八迭球菌属(属)、少食八迭球菌(种)、颤螺菌属(属)、吉氏颤螺菌(种)、放线菌图列茨亚种(种)、Anaerosinus(属)、纤毛菌属(属)、少食短杆菌(种)、乳杆菌属CR-609S(种)、嗜热厌氧杆菌科(科)、芽孢杆菌科(科)、Gelria(属)、酸杆菌目(目)、马赛拟杆菌(种)、红环菌目(目)、人粪便厌氧菌(种)、Alistipes finegoldii(种)、颤螺菌科(科)、嗜胨菌属2002-38328(种)、Hespellia(属)、拟杆菌属35AE37(种)、Marvinbryantia(属)、运动厌氧芽孢杆菌(种)、厌氧菌(属)、卡他菌(属)、普氏黄曲霉(种)、嗜蛋白菌属(属)、粪罗斯拜瑞氏菌(种)、链球菌属S16-11(种)、拟杆菌属4072(种)、沙氏另支菌(种)、肠道拟杆菌(种)、长形乳杆菌(种)、鹤见双歧杆菌(种)、多雷类杆菌(种)、木糖降解拟杆菌(种)、克罗诺杆菌属(属)、异斯卡多维亚菌属(属)、异斯卡多维亚菌(种)、Lactonifactor(属)、卡他杆菌科(科)、产液阿德勒克罗伊茨菌(种)、阿德勒克罗伊茨菌属(属)、另支菌属EBA6-25Cl2(种)、拟杆菌属EBA5-17(种)、颤杆菌属(属)、帕梅莱氏戈尔戈登氏杆菌(种)、另支菌属NML05A004(种)、人类排泄性副沙门氏菌(种)、光冈菌属DJF_RR21(种)、丁酸弧菌属(属)、粪双歧杆菌(种)、Alistipes indistinctus(种)、戈登氏杆菌属(属)、阿氏厌氧菌(种)、克雷伯氏菌属B12(种)、另支菌属RMA 9912(种)、厌氧孢杆菌属(属)、粪拟杆菌(种)、布劳特氏菌属Ser5(种)、中华拟杆菌(种)、嗜胆菌属4_1_30(种)、钙镁杆菌科(科)、肠杆菌属UDC345(种)、双乳双歧杆菌(种)、嗜胨菌属1-14(种)、另支菌属HGB5(种)、拟杆菌属SLC1-38(种)、乳杆菌属Akhmro1(种)、克雷伯氏菌属SOR89(种)、肠球菌属C6I11(种)、Pseudoflavonifractor(属)、拟杆菌属dnLKV9(种)、巨球型菌属BV3C16-1(种)、粪杆菌属犬口分类群147(种)、弯曲短杆菌属CCUG 45114(种)、丁酸弧菌属214-4(种)、鼠李氏厌氧菌(种)、阴性球菌属S5-A15(种)、[Collinsella]massiliensis[柯林斯氏菌]马赛种(种)、棒状杆菌属jw37(种)、罗斯拜瑞氏菌属499(种)、小杆菌属S7MSR5(种)、厌氧球菌属S8 87-3(种)、大芬戈尔德菌属S8F7(种)、墨氏杆菌属S9 PR-10(种)、嗜胨菌属S9PR-13(种)、拟杆菌属J1511(种)、棒状杆菌属713182/2012(种)、拉恩氏菌属BSP18(种)、肠单胞球菌属(属)、罗宾逊菌属KNHs210(种)、立方假丝酵母(属)、粪性丁酸单胞菌(种)、Senegalimassilia(属)、嗜胨菌属DNF00840(种)、Romboutsia(属)和塞孔杜斯协概率菌(种)中的至少一个相关联的第一部位特定组成特征；其中，基于所述补充数据和所述第一部位特定组成特征，生成所述阑尾相关表征模型，包括生成第一部位特定阑尾相关表征模型；其中，基于第一个部位特定阑尾相关表征模型，确定所述阑尾相关表征，包括为使用者确定阑尾相关病症的相关表征。