[发明专利]细菌疫苗

说明书

提供了用于免疫疗法的药物组合物和方法。所述药物组合物包含表达人类疾病相关抗原，优选两种或多于两种患者特异性肿瘤抗原作为多表位的基因工程细菌。这种细菌是经过基因工程改造的脂多糖或患者自己的内共生细菌，使得该细菌以低水平表达内毒素，该水平不足以诱导CD‑14介导的脓毒症。可将基因工程细菌全身或局部施用于患者，以诱导肿瘤特异性免疫应答。

本申请要求2017年6月16日提交的序列号62/521153和2018年2月6日提交的序列号62/627122的共同待定的美国临时申请的优先权。

发明领域

本发明的领域是制备和/或使用基因修饰的细菌进行免疫治疗的组合物和方法。

发明背景

背景描述包括有助于理解本发明的信息。并不意味着承认本文提供的任何信息是现有技术或与当前要求保护的发明有关，或者承认明确或隐含引用的任何出版物为现有技术。

使用在体内引起针对癌细胞的免疫应答的抗原的免疫疗法对于癌症是有吸引力的治疗选择，因为它为提供包括可定制的疫苗和其他治疗剂的患者特异性和/或癌症特异性的治疗打开了大门。在这种类型的治疗方法中，源自患者癌细胞的抗原(例如，包含一个或多个突变的短肽等)被递送至免疫细胞，以与主要的组织相容性复合物(MHC)结合并呈递，以引发或增强患者自身的免疫应答。在PCT/US16/56550中教导了用于与特定的MHC类型结合的抗原鉴定和靶向抗原的实例，其全部内容并入本文。

本文所有的出版物和专利申请都通过引用并入本文，如同每个单独的出版物或专利申请均被具体地和单独地指出通过引用并入一样。当在并入的参考文献中术语的定义或使用与本文提供的术语的定义不一致或相反时，适用本文提供的该术语的定义，而不适用参考文献中该术语的定义。

基因修饰的病毒(例如，腺病毒、其他非病原性病毒，包括基因修饰的HSV等)由于其相对较高的基因递送效率(例如，高感染率)而成为体内免疫细胞的优选抗原递送载体。然而，使用病毒作为递送载体会给免疫治疗带来一些限制。首先，包括腺病毒在内的许多病毒的包装能力受到限制，以致使用此类病毒大规模制备多种抗原的效率低下。另外，制备足以引起免疫应答的数量的基因修饰的病毒花费相对较长的时间(例如一个月或超过一个月)，使得肿瘤生长的早期干预或使用免疫疗法的紧急治疗可能是不可行的。

已经提出其他微生物例如酵母或细菌作为癌症抗原的候选递送载体。例如，US8734778公开了表达癌胚抗原的酵母，并将该酵母施用至患有甲状腺癌的患者。

US 2016/0317634公开了减毒突变的沙门氏菌菌株用于递送编码间皮素的重组DNA分子的用途。然而，使用基因修饰的细菌可能会导致患者由于这种生物体产生的各种内毒素而产生严重的免疫应答。

因此，尽管本领域已知用于各种癌症的免疫疗法的各种系统和方法，但是它们的全部或几乎全部都存在若干缺点。最为明显的是，鉴于许多癌症中的新抗原相对较多并且需要使用免疫疗法早期干预癌症的生长，仍然需要以患者良好耐受的方式在体内表达和递送患者特异性和/或癌症特异性抗原的用于基因修饰的生物的组合物和方法。

发明内容

本发明的主题涉及免疫疗法的各种组合物和方法，其中具有降低的内毒素含量的基因工程细菌或患者自身的内共生细菌可用于表达和递送患者特异性和/或癌症特异性抗原，以引发或增强患者对癌细胞的免疫应答，同时不会引起内毒素性休克反应。

因此，在本发明主题的一个方面，发明人预期了一种药物组合物，其包含表达人或哺乳动物疾病相关抗原的基因工程细菌。尽管可以使用多种类型的细菌，但优选的是，基因工程细菌是大肠杆菌(Escherichia coli.)的菌株。基因工程细菌也通过基因工程化使得其表达内毒素处于通常不足以在患者体内诱导CD-14介导的脓毒症水平。在本发明主题的另一方面，本发明人还预期了一种用于治疗患者的药物组合物，其包含患者的内共生细菌，该内共生细菌经基因工程化以表达患者的疾病相关的抗原。