[发明专利]具有用户定义的功能的哺乳动物启动子的计算机设计

权利要求书

1.一种合成启动子，该合成启动子包含(a)包含4至20个转录因子调控元件(TFRE)的核苷酸序列和(b)启动子核心，其中包含这些TRFE的该核苷酸序列在该启动子核心的上游，并且其中至少三分之一的这些TFRE单独地选自由抗氧化RE(ARE)、ETS结合位点1(EBS1)、内质网应激RE(ERSE)和二噁英RE(DRE)TFRE组成的组。

2.如权利要求1所述的合成启动子，其中该核苷酸序列在这些TFRE之间包含间隔区，其中这些间隔区不超过50个核苷酸。

3.如权利要求2所述的合成启动子，其中这些间隔区不超过25个核苷酸。

4.如权利要求3所述的合成启动子，其中这些间隔区不超过12个核苷酸。

5.如权利要求4所述的合成启动子，其中这些间隔区为约6个核苷酸。

6.如权利要求1-5中任一项所述的合成启动子，其中该核心启动子是CMV核心启动子，任选地，其中该CMV核心启动子包含SEQ ID NO：33的核苷酸序列。

7.如权利要求1所述的合成启动子，其中该合成启动子包含SEQ ID NO：37-50中任一个的核苷酸序列。

8.一种设计合成启动子的方法，该方法包括：(i)分析转录因子(TF)表达以选择TF，(ii)鉴定与在同型启动子中具有转录活性的选定TF相互作用的转录因子调控元件(TFRE)，以及(iii)测定异型启动子内TF-TFRE相互作用的相对转录活性。

9.如权利要求8所述的方法，该方法进一步包括(iv)选择具有所需转录活性的TFRE。

10.如权利要求9所述的方法，该方法进一步包括(v)产生合成启动子，该合成启动子包含(a)包含具有所需转录活性的选定TFRE的核苷酸序列和(b)启动子核心，其中包含这些TRFE的该核苷酸序列在该启动子核心的上游。

11.如权利要求8-10中任一项所述的方法，其中该分析TF表达包括测定这些TF的丰度。

12.如权利要求11所述的方法，其中该测定这些TF的丰度包括测量这些TF的RNA或蛋白质水平。

13.如权利要求8-12中任一项所述的方法，其中该分析TF表达包括在至少两种细胞类型中分析TF表达。

14.如权利要求13所述的方法，其中该至少两种细胞类型是哺乳动物细胞类型。

15.如权利要求14所述的方法，其中该至少两种哺乳动物细胞类型是CHO细胞。

16.如权利要求14或15所述的方法，其中该至少两种细胞系包括表达重组蛋白的细胞系及其亲本细胞系。

17.如权利要求13或14所述的方法，其中该至少两种细胞类型是来自相同生物的两种细胞类型，任选地其中该生物是人。

18.如权利要求8-17中任一项所述的方法，其中选择高度表达的TF。

19.如权利要求8-17中任一项所述的方法，其中选择表达水平在前50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％或10％以内的TF。

20.如权利要求8-19中任一项所述的方法，其中该分析TF表达包括测定TF在至少两种细胞类型、至少两个细胞培养阶段和/或至少两种培养条件中的稳定性。