[实用新型]一种基于DNA特征序列的细菌鉴定试剂盒

说明书

本实用新型涉及一种基于DNA特征序列的细菌鉴定试剂盒，包括盒体、盒盖和内衬，该盒体内设置核酸提取试剂存放腔、PCR反应体系存放腔和PCR产物纯化试剂存放腔，在盒体与各存放腔之间均填充所述内衬，核酸提取试剂存放腔内至少放置溶菌酶管、十二烷基硫酸钠溶液管、十六烷基三甲基溴化铵管，PCR产物纯化试剂存放腔内至少放置TE缓冲液管、乙酸钠溶液管和乙二胺四乙酸钠溶液管，该试剂盒还可选择地设置冷藏存放腔和备用存放腔。本实用新型所述的试剂盒可用于细菌污染物从分离纯化到核酸测序前的全部操作过程，实现细菌污染物的快速、一体化鉴定；本实用新型构建的标准核酸序列数据库，可为细菌核酸测序鉴定方法提供客观、准确的判定依据。

技术领域

本实用新型涉及核酸测序鉴定领域，尤其涉及一种基于DNA特征序列的细菌鉴定试剂盒。

背景技术

利用分子生物学技术对药物原料、辅料、制药用水、中间体、终产品和环境中的污染微生物进行鉴定、分类和追溯，是加强药品生产过程质量控制、提升产品质量与安全性、降低用药风险的有效手段。与传统的形态学观察、显微镜检、理化鉴别和生化分析等技术相比，分子生物学技术以生物核酸作为目标检测物，可以从根本性的遗传物质层面对菌株的种属及来源做出解释，检测结果更加准确，灵敏度更高，特异性更强，目前已逐渐成为国、内外药品质量标准发展的必然趋势。目前，《美国药典》(USP 40<1113>)、《欧洲药典》(EP 9.0<5.1.6>)、《日本药典》(JP 17<General Information G4>)、《中国药典》(通则9204)中均收载了分子生物学技术用于药品微生物质量控制的相关章节。

DNA特征序列(DNA条形码)分子鉴定是利用基因组中一段公认的、相对较短的DNA序列来进行物种鉴定的分子生物学分类方法。该方法以核酸测序技术为基础，通过筛选通用DNA特征序列，建立数据库和鉴定平台，运用生物信息学方法分析比对DNA数据，进而对物种进行鉴定，是对传统生物鉴定方法的有效补充和重大突破，近年来受到国内外药品质量标准制定机构的广泛关注，并逐渐成为物种鉴定和分类的研究热点。

16S rRNA基因全长涵盖了最全面的菌株遗传进化信息，但受到核酸测序方法操作性、测序质量、测序成本、核酸测序反应长度、特别是高通量核酸测序反应读长的限制，多数文献报道还是采用部分核酸序列(Partial Sequence)进行研究，具有鉴定和分类意义的核心区域尚待讨论。

目前，以16S rRNA核酸测序技术为基础的微生物鉴定方法已经建立，并应用于临床分离菌株的研究，但其用于药品质量控制及药品生产环境中常见污染菌的鉴定还鲜有报道，且基于DNA特征序列的细菌鉴定试剂盒的也鲜有报道。

实用新型内容

本实用新型的目的在于克服现有技术中的缺陷，通过测定16S核糖体RNA 基因5'端可变区的核酸序列进行菌株鉴定，提供一种基于DNA特征序列的细菌鉴定试剂盒，并提供一种简便、快速、规范化的基于DNA特征序列的细菌核酸测序鉴定方法。

为了实现上述目的，本实用新型采取的技术方案包括：

本实用新型的第一个目的是提供一种基于DNA特征序列的细菌鉴定试剂盒，包括盒体、盒盖和内衬，所述盒体内设置核酸提取试剂存放腔、PCR反应体系存放腔和PCR产物纯化试剂存放腔，在所述盒体与各存放腔之间均填充所述内衬。

为了进一步优化上述试剂盒，本实用新型采取的技术措施还包括：

进一步地，所述核酸提取试剂存放腔内设置数个试管，所述试管至少包括溶菌酶管、十二烷基硫酸钠溶液管、十六烷基三甲基溴化铵管；更进一步地，所述试管还包括TE缓冲液管、氯化钠溶液管、饱和苯酚-氯仿-异戊醇溶液管、无水乙醇管、70％乙醇溶液管。

进一步地，所述PCR反应体系存放腔内设置数个试管，所述试管至少包括引物管、DNA聚合酶管、PCR反应液管；其中，所述PCR反应液管内含有PCR 缓冲液、镁离子溶液和脱氧核苷三磷酸。