[发明专利]一种鉴定双季茭白早晚熟特性的分子标记及其应用、获取方法

说明书

一种鉴定双季茭白早晚熟特性的分子标记及其应用、获取方法，属于分子生物学技术领域。该鉴定双季茭白早晚熟特性的分子标记包括分子标记UeS1、UeS2、UeS3、UeS4、UeS5、UeS6、UeS7和UeS8。本发明通过SNP标记筛选早熟或特晚熟品种，可以对优良双季茭白品种提早选择，减少工作量，提高筛选效率。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种鉴定双季茭白早晚熟特性的分子标记及其应用、获取方法。

背景技术

茭白(Zizania latifolia Turcz.)为禾本科多年生宿根草本植物,原产于我国和东南亚地区，是我国的第二大水生蔬菜。茭白在我国早有栽培，西周之前，茭白的种子被作为粮食食用，后因发现其茎部被菰黑粉菌(Ustilago esculenta)感染而形成的菌瘿不仅可以食用，而且肉质肥嫩、口感极佳，而被当成一种蔬菜食用，唐朝末期开始被作为一种蔬菜广泛种植。除了作为蔬菜，茭白也可药用，具有利尿止渴、清热解毒之功效。双季茭是目前广泛种植于浙江、江苏、福建等地的茭白，一年两熟，相比于单季茭，具有较高的经济效益。茭白在市场上的价格随着时间波动较大，一般早熟和特晚熟的双季茭白收益较高，因此孕育早熟或特晚熟的茭白是目前选育茭白品种的一个重要方向。鉴于茭白的无性繁殖特性，现有研究一直没有找到合适的分子标记对茭白植株进行分析鉴定，即不同品种茭白植株间的差异化与其品种特性相关性较小。而有研究发现，菰黑粉菌的存在才是茭白形成的关键因素，对菰黑粉菌的生物学特性、培养条件、细胞学观察及分子进化等方面进行研究发现：不同品种茭白中菰黑粉菌的表型差异明显，且茭白品种中单双季，双季茭中的夏秋茭，其内生的菰黑粉菌属于不同的进化分支，表明菰黑粉菌的差异性与茭白品种特性密切相关。而不同菌对温度的适应性、与宿主的相互作用等特性都是该菌是否能顺利入侵及其潜育时间长短的决定因素，对品种早晚熟的影响较大。因此，我们推测菰黑粉菌与茭白早晚熟特性的形成密切相关，因此有必要对不同品种中菰黑粉菌的遗传多样性及其与早晚熟特性的关系进行研究，从而达到茭白辅助选育的目的。

SNP标记的原理是：生物体内经常发生单核苷酸变异(缺失，插入，移码)，这种变异的结果成为单核苷酸多态性。尽管SNPs大多位于非编码区，但与生物体表型有非常密切的关系。随着高通量测序技术的发展，大量的SNPs被解析出来，也极大地推动了基因组层面评估遗传多样性的研究。由于SNP数据量非常庞大，因此基于SNP开发的分子标记具有较高的精准度。

发明内容

针对现有技术存在的问题，本发明的目的在于设计提供一种鉴定双季茭白早晚熟特性的分子标记及其应用、获取方法的技术方案。本发明通过对茭白内生菰黑粉菌作SNP扫描，筛选出多个与双季茭白早晚熟特性相关的分子标记，从而建立起双季茭白早晚熟分子标记辅助选择体系，提高早熟茭白品种和特晚熟茭白品种的选择效率，为茭白高效选育奠定基础。