[发明专利]一种鸡体尺性状CNV标记辅助选育多基因检测方法及应用

权利要求书

1.一种用于检测鸡胸角、胸宽性状的分子标记组合，其特征在于，其为CNV1、CNV2和CNV3，这三个分子标记分别是鸡SRMP2基因参考基因组序列(Chromosome 1,NC_006088.4)、MHRP2B基因参考基因组序列(Chromosome 1,NC_006088.5)、MH7基因参考基因组序列(Chromosome Z,NC_006127.5)。

2.权利要求1所述的分子标记组合在鸡育种中的应用。

3.一种用于检测鸡胸角、胸宽性状的引物组合，其特征在于，其目标基因引物对为P1(F1、R1)、P2(F2、R2)和P3(F3、R3)引物，其核苷酸序列如下：

所述的引物对P1为：

上游引物F1:AACCTGCTCAGCTTTTCCTGACC

下游引物R1：CTGCTCTGGAGGATCCCAAAGT

所述的引物对P2为：

上游引物F2:GCATGTGGTGGGGCTCTTTAC

下游引物R2：GCGCCTTGCAGAGATCAATG

所述的引物对P3为：

上游引物F3:GGAGCACTGGAGGGTCAGAAA

下游引物R3：CTGCTCTGGAGGATCCCAAAGT。

4.权利要求3所述的引物组合在鸡育种中的应用。

5.一种鸡体尺性状CNV标记辅助选育多基因检测方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)对鸡SRMP2基因参考基因组序列(Chromosome 1,NC_006088.4)、MHRP2B基因参考基因组序列(Chromosome 1,NC_006088.5)、MH7基因参考基因组序列(Chromosome Z,NC_006127.5)进行PCR扩增、荧光标记和测序后，通过统计分析软件和EXCEL进行统计分析，计算其的基因拷贝数；(2)利用拷贝数情况估测鸡的体尺性状，所述CNV标记拷贝数越高，该鸡的胸角及胸宽越低。

6.根据权利要求5所述的鸡体尺性状CNV标记辅助选育多基因检测方法，其特征在于，所述对拷贝数进行检测，是以鸡基因组DNA为模板，设置参照基因，以目标基因引物对P1(F1、R1)、P2(F2、R2)和P3(F3、R3)引物，通过多基因拷贝数检测方法进行PCR扩增、荧光标记和测序后，通过统计分析软件和EXCEL进行统计分析，计算基因拷贝数；

所述的引物对P1为：

上游引物F1:AACCTGCTCAGCTTTTCCTGACC

下游引物R1：CTGCTCTGGAGGATCCCAAAGT

所述的引物对P2为：

上游引物F2:GCATGTGGTGGGGCTCTTTAC

下游引物R2：GCGCCTTGCAGAGATCAATG

所述的引物对P3为：

上游引物F3:GGAGCACTGGAGGGTCAGAAA

下游引物R3：CTGCTCTGGAGGATCCCAAAGT。

7.根据权利要求6所述的鸡体尺性状CNV标记辅助选育多基因检测方法，其特征在于，所述的PCR扩增、荧光标记及拷贝数计算方法为：取2μl DNA模板与2μl内对照DNA混合液混匀后，加入10μl 2x PCR Master Mix,1μl多重PCR引物混合液以及5μl ddH2O；PCR循环程序：95℃10min；11cycles x(94℃20s,65℃-0.5℃/cycle 40s,72℃1min30s)；24cycles x(94℃20s,59℃30s,72℃1.5min)；60℃60min；4℃保存，取1μl PCR产物稀释5倍后，取1μl与0.5μl Liz500SIZE STANDARD，8.5μl Hi-Di混匀，95℃变性5分钟后上ABI3730XL测序仪；根据每个基因的样本DNA/内对照DNA扩增产物长度及荧光标记信息，利用GeneMapper5.0对ABI3730XL测序仪生成的数据文件进行分析，输出每个产物峰的峰高以及峰面积；输出结果采用EXCEL进行整理、统计和分析。