[发明专利]用于基因突变高深度测序的基因芯片及其制备方法和应用

权利要求书

1.一种用于基因突变高深度测序的基因芯片的制备方法，其特征在于：包括根据不同的突变类型，结合基因突变在线数据库和本地数据库的突变信息，构建捕获区间库；根据所述捕获区间库设计基因芯片，提高基因芯片的捕获质量和效率，实现高深度测序；

所述突变类型包括单核苷酸变异、插入缺失突变、拷贝数突变和结构变异中的至少一种；

所述捕获区间库根据不同的突变类型分为，单核苷酸变异和插入缺失突变捕获区间库、拷贝数突变捕获区间库、结构变异捕获区间库。

2.根据专利要求1所述的制备方法，其特征在于：所述单核苷酸变异和插入缺失突变捕获区间库采用以下方法构建，

(1)统计cosmic数据库中所检测肿瘤的驱动基因的外显子区间的RI值，并将所有统计到的与所检测肿瘤相关的驱动基因的外显子区间，按照RI值降序排列；

所述RI值等于(n×1000)÷L，其中n为cosmic数据库中所述外显子区间的患者数目，L为外显子区间的序列长度；

(2)按照RI值降序排列后，以RI值最高的外显子区间，即第一个外显子区间，作为样本数据库，统计其它外显子区间与所述样本数据库的不同变异的个数，不同变异个数最多的作为第二个筛选外显子区间，将第二个筛选外显子区间加入到所述样本数据库中，继续统计其它外显子区间与加入第二个筛选外显子区间后的样本数据库的不同变异的个数，不同变异个数最多的作为第三个筛选外显子区间，将第三个筛选外显子区间也加入到所述样本数据库中，采用相同的方法得到第四个筛选外显子区间，再将第四个筛选外显子区间加入到所述样本数据库中，以此类推，直至所有统计到的与所检测肿瘤相关的驱动基因的外显子区间都被这样迭代筛选完，得到的样本数据库，即芯片区间；

(3)统计TCGA和ICGC数据库中所检测肿瘤相关的驱动基因的外显子区间，去除与cosmic数据库相同的驱动基因的外显子区间，以包含热点变异并且患者数目大于或等于5的驱动基因外显子区间为候选区间，根据步骤(2)最终得到的样本数据库，按照步骤(2)相同的筛选方法，对所述候选区间进行筛选，并将筛选的外显子区间加入到步骤(2)的样本数据库中；

(4)统计步骤(3)最终得到的样本数据库中，只有一个SNV或INDEL变异的样本，作为单突变样本数据库；

(5)根据步骤(3)统计的TCGA和ICGC数据库中所检测肿瘤相关的驱动基因的外显子区间，去除已经被步骤(3)筛选入样本数据库的外显子区间，以RI≥30，包含热点变异并且患者数目大于或等于3的驱动基因外显子区间为候选区间，筛选候选区间中去除所述单突变样本数据库后样本数减少最多的外显子区间，作为第一外显子区间；从候选区间中去除被筛选的第一外显子区间及其单突变样本；然后，采用同样的方法筛选第二外显子区间；以此类推，直至去除所述单突变样本数据库后样本数不再减少；被筛选到的所有外显子区间，都加入步骤(3)得到的样本数据库中；

(6)根据步骤(3)统计的TCGA和ICGC数据库中所检测肿瘤相关的驱动基因的外显子区间，去除已经被步骤(3)和步骤(5)筛选入样本数据库的外显子区间，以RI≥20，包含热点变异并且患者数目大于或等于3的驱动基因外显子区间为候选区间，按照步骤(5)的筛选方法，筛选外显子区间，并将其加入步骤(5)得到的样本数据库中；即得到初步的单核苷酸变异和插入缺失突变捕获区间库；

(7)统计本地数据库中的高频热点变异，将其中未被包含在步骤(6)得到的初步单核苷酸变异和插入缺失突变捕获区间库中的高频热点变异，沿其变异位点前后各延伸50bp的区间，加入到步骤(6)得到的样本数据库中，得到最终的单核苷酸变异和插入缺失突变捕获区间库。