[发明专利]一种用于定位和克隆植物中控制同一性状的双隐性基因的方法

权利要求书

1.一种用于定位和克隆植物中控制同一性状的双隐性基因的方法，包括如下步骤：

（1）将突变体植株与野生型植株杂交，得到F1代植株，将所述F1代植株与所述突变体植株杂交，得到BC1F1分离群体；所述突变体植株具有表型A，所述野生型植株具有表型B，所述表型A和所述表型B为同一性状且表型相反；

（2）用分子标记对控制同一性状的双隐性基因分别进行初定位，分别获取其在基因组中的初步位置；

（3）选取其中一个基因位点，根据其初步位置开发分子标记并基于所述BC1F1分离群体中与所述突变体植株具有相同表型的突变型单株进行精细定位，得到其精细定位区间；

（4）在所述精细定位区间内，比对所述野生型植株与所述突变体植株的序列差异，获得候选基因A；

（5）通过对所述野生型植株与所述突变体植株的基因组序列进行比对分析，获得所述候选基因A的同源基因，即候选基因B；所述候选基因A和所述候选基因B即为控制同一性状的双隐性基因；

所述（3）中，所述精细定位的方法包括如下步骤：

（3-1）根据所述基因位点的初步位置搜索可以设计SSR引物的简单重复序列，根据所述简单重复序列及其上下游序列设计SSR引物；

（3-2）用所述SSR引物检测所述突变体植株和所述野生型植株，选取具有多态性的SSR引物；

（3-3）用所述具有多态性的SSR引物检测突变型单株小群体，将所述基因位点定位在区间A内；

所述突变型单株小群体为突变型单株群体中的一小部分；

所述突变型单株群体为所述BC1F1分离群体中与所述突变体植株具有相同表型的植株组成的群体；

（3-4）在所述区间A内搜索可以设计SSR引物的简单重复序列，并根据所述简单重复序列及其上下游序列设计SSR引物，用所述SSR引物检测剩余突变型单株群体，将所述基因位点定位在区间B内，即为所述精细定位区间；

所述剩余突变型单株群体为所述突变型单株群体中除了突变型单株小群体以外的剩余植株组成的群体；

所述植物为烟草；

所述突变体植株为白茎突变体植株ws1或白肋烟品种TN90；所述野生型植株为红花大金元；

所述候选基因A为ws1b基因；所述候选基因B为ws1a基因。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：利用SSRHunter软件搜索可以设计SSR引物的简单重复序列。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：根据所述简单重复序列及其上下游150bp序列设计SSR引物。