[发明专利]用于诊断肺癌的方法在审
申请号: | 201810410227.1 | 申请日: | 2018-05-02 |
公开(公告)号: | CN110055313A | 公开(公告)日: | 2019-07-26 |
发明(设计)人: | 丹尼·弗鲁姆金;亚当·瓦瑟斯特罗姆 | 申请(专利权)人: | 纽克莱克斯有限公司 |
主分类号: | C12Q1/686 | 分类号: | C12Q1/686;G16H50/20 |
代理公司: | 北京安信方达知识产权代理有限公司 11262 | 代理人: | 王玮玮;郑霞 |
地址: | 以色列*** | 国省代码: | 以色列;IL |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 肺癌 基因组基因座 生物样品鉴定 诊断 血浆样品 试剂盒 分析 | ||
1.一种用于鉴定人受试者的肺癌的方法,所述方法包括:
(a)将来自从所述受试者获得的血浆样品的DNA应用于用至少一种甲基化敏感性限制性内切核酸酶的消化,以获得限制性内切核酸酶处理的DNA;
(b)从所述限制性内切核酸酶处理的DNA共扩增包含SEQ ID NO:4中列出的基因座的至少一种限制性基因座和对照基因座,从而生成每种基因座的扩增产物;
(c)计算所述至少一种限制性基因座的每一种和所述对照基因座的扩增产物的信号强度之间的比率;以及
(d)检测所述比率关于肺癌比率的高概率评分,从而鉴定人受试者的肺癌。
2.如权利要求1所述的方法,其中所述至少一种限制性基因座还包括选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6中列出的基因座的组的至少一种另外的限制性基因座,并且所述概率评分为所述SEQ ID NO:4的比率以及所述至少一种另外的限制性基因座的至少一种另外的比率关于肺癌比率的组合概率评分。
3.如权利要求2所述的方法,其中所述至少一种另外的限制性基因座包括SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6中列出的所有基因座,并且所述组合概率评分为SEQ ID NO:4的比率、SEQ ID NO:1的比率、SEQ ID NO:2的比率、SEQ IDNO:3的比率、SEQ ID NO:5的比率和SEQ ID NO:6的比率关于肺癌比率的组合概率评分。
4.如权利要求1所述的方法,所述方法还包括:
提供第一对照DNA和第二对照DNA,所述第一对照DNA和所述第二对照DNA各自包括人细胞系来源的DNA,其中所述第一对照DNA包括来自其中所述至少一种限制性基因座大部分被甲基化的人细胞系的DNA,且所述第二对照DNA包括来自其中所述至少一种限制性基因座的一种或更多种大部分未被甲基化的人细胞系的DNA;
用所述甲基化敏感性限制性内切核酸酶消化所述第一对照DNA和所述第二对照DNA;以及
从所述第一对照DNA和所述第二对照DNA扩增所述至少一种限制性基因座和所述对照基因座;
其中所述第一对照DNA中所述至少一种限制性基因座和所述对照基因座的充分扩增的检测指示成功的DNA扩增,且其中所述第二对照DNA中所述至少一种限制性基因座的一种或更多种的低扩增或不扩增伴随所述对照基因座的正常扩增指示成功的DNA消化。
5.如权利要求4所述的方法,其中,所述其中所述至少一种限制性基因座大部分被甲基化的人细胞系是HCT-15。
6.如权利要求4所述的方法,其中,所述其中所述至少一种限制性基因座的一种或更多种大部分未被甲基化的人细胞系是A673。
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