[发明专利]一种预测用于治疗肝癌的特异性治疗药物的方法

说明书

本发明公开了一种预测用于治疗肝癌的特异性治疗药物的方法，属于生物医药技术领域。所述方法包括：对肝癌样本进行蛋白质磷酸化组分析，获得磷酸化位点数据；去除所述磷酸化位点数据中的奇异点后进行归一化处理；对归一化处理后的磷酸化位点数据进行分析，获得激酶强度信息；根据所述激酶强度信息计算出在肝癌样本和正常肝组织中显著变化的激酶；根据所述显著变化的激酶在DrugBank数据库寻找对应的FDA批准药物，即显著上调激酶的抑制剂及显著下调激酶的激活剂。本发明能够快速准确的找出不同肝癌样本中的特异性药物靶点即显著激酶，从而得到特异性治疗药物。

技术领域

本发明涉及生物医药技术领域，特别涉及一种预测用于治疗肝癌的特异性治疗药物的方法。

背景技术

肝癌是世界病发率第五、致死率第三的危害性极大的恶性疾病。和其他主要癌症相比，其发病率和死亡率以3％的速率逐年增加。肝癌的治疗主要包括手术治疗和非手术治疗，外科手术是目前治疗肝癌的首选方法，但因为相关并发性疾病及确诊时间通常较晚等因素，只有不到30％的病人能采用手术切除的治疗方法。因此，肝癌靶向药物的使用就显得尤为重要，然而，目前通过FDA批准的肝癌治疗药物仅有两种：以激酶BRAF，RAF1及血管内皮生长因子(VEGE)受体为靶向的索拉菲尼(Sorafenib)及刚获得批准同样以激酶作为主要靶点的瑞戈非尼(Regorafenib)，同时，研究表明，仅有2％的肝癌晚期患者采用索拉菲尼治疗后达到了43％的疾病控制率，患者生存时间也仅延长了2.8个月左右。因此，肝癌药物治疗目前主要的局限性在于：(1)可用临床药物较少；(2)患者个体差异较大。

蛋白质磷酸化作为最重要的翻译后修饰之一，发挥核心调控作用的激酶是目前癌症治疗的重要靶点，因此，寻找肝癌中起调控作用的重要激酶是目前肝癌治疗相关研究的重点及热点，传统的实验方法耗费较大且周期较长，结合计算机手段进行分析和预测将会大大提高相关研究的速率和准确率，然而，目前的相关分析及预测主要存在两个问题：(1)极少考虑患者个体差异；(2)未提供可供临床治疗的药物。

发明内容

本发明的目的是提供一种预测用于治疗肝癌的特异性治疗药物的方法，能够快速准确的找出不同肝癌样本中的特异性药物靶点即显著激酶，从而得到特异性治疗药物。

为实现上述目的，本发明提供了一种预测用于治疗肝癌的特异性治疗药物的方法，所述方法包括：

对肝癌样本进行蛋白质磷酸化组分析，获得磷酸化位点数据；

去除所述磷酸化位点数据中的奇异点后进行归一化处理；

对归一化处理后的磷酸化位点数据进行分析，获得激酶强度信息；

根据所述激酶强度信息计算出在肝癌样本和正常肝组织中显著变化的激酶；

根据所述显著变化的激酶在DrugBank数据库寻找对应的FDA批准药物，即显著上调激酶的抑制剂及显著下调激酶的激活剂。

进一步地，所述肝癌样本包括肝癌组织及癌旁组织。

进一步地，所述获得磷酸化位点数据具体包括：通过液相色谱质谱联用分别对肝癌组织及癌旁组织进行蛋白质磷酸化组分析，获得测试数据后，对所述测试数据进行搜库及定量分析，获得磷酸化位点数据。

进一步地，所述磷酸化位点数据包括位点的分布及强度信息。

进一步地，所述搜库及定量分析利用MaxQuant软件进行。

进一步地，所述磷酸化位点数据中的奇异点根据四分法去除，具体包括：将磷酸化位点数据按强度值排序，获得四分位数Q1、Q2、Q3，则四分差：

IQR＝Q3-Q1

高阈值＝Q3+3*IQR

低阈值＝Q1-3*IQR

据此去除阈值之外的奇异点。