[发明专利]一种预测用于治疗肝癌的特异性治疗药物的方法

权利要求书

1.一种预测用于治疗肝癌的特异性治疗药物的方法，其特征在于，所述方法包括：

对肝癌样本进行蛋白质磷酸化组分析，获得磷酸化位点数据；

去除所述磷酸化位点数据中的奇异点后进行归一化处理；

对归一化处理后的磷酸化位点数据进行分析，获得激酶强度信息；

根据所述激酶强度信息计算出在肝癌样本和正常肝组织中显著变化的激酶；

根据所述显著变化的激酶在DrugBank数据库寻找对应的FDA批准药物，即显著上调激酶的抑制剂及显著下调激酶的激活剂。

2.如权利要求1所述的预测用于治疗肝癌的特异性治疗药物的方法，其特征在于，所述肝癌样本包括肝癌组织及癌旁组织。

3.如权利要求1所述的预测用于治疗肝癌的特异性治疗药物的方法，其特征在于，所述获得磷酸化位点数据具体包括：通过液相色谱质谱联用同时对肝癌组织及癌旁组织进行蛋白质磷酸化组分析，获得测试数据后，对所述测试数据进行搜库及定量分析，获得磷酸化位点数据。

4.如权利要求1或3所述的预测用于治疗肝癌的特异性治疗药物的方法，其特征在于，所述磷酸化位点数据包括位点的分布及强度信息。

5.如权利要求3所述的预测用于治疗肝癌的特异性治疗药物的方法，其特征在于，所述搜库及定量分析利用MaxQuant软件进行。

6.如权利要求1或3所述的预测用于治疗肝癌的特异性治疗药物的方法，其特征在于，所述磷酸化位点数据中的奇异点根据四分法去除，具体包括：将磷酸化位点数据按强度值排序，获得四分位数Q1、Q2、Q3，则四分差：

IQR＝Q3-Q1

高阈值＝Q3+3*IQR

低阈值＝Q1-3*IQR

据此去除阈值之外的奇异点。

7.如权利要求1所述的预测用于治疗肝癌的特异性治疗药物的方法，其特征在于，所述对归一化处理后的磷酸化位点数据进行分析，获得激酶强度信息，具体包括：

将归一化处理后的磷酸化位点数据处理成ELM格式，并利用激酶底物关联预测工具iGPS计算注释位点对应的激酶；

获得每个激酶在该磷酸化组中磷酸化底物位点，将各位点归一化后强度相加获得每个激酶的强度以及所有激酶总强度。

8.如权利要求7所述的预测用于治疗肝癌的特异性治疗药物的方法，其特征在于，所述根据所述激酶强度信息计算出在肝癌样本和正常肝组织中显著变化的激酶，具体包括：

采用卡方检验分析激酶在肝癌样本及正常肝组织磷酸化组中的强度差异的显著性，采用p0.05作为判断差异的阈值；

通过阈值后计算每个激酶的活性值E-ratio，若该值大于1则认为激酶在癌组织中显著上调，反之显著下调。

9.如权利要求8所述的预测用于治疗肝癌的特异性治疗药物的方法，其特征在于，所述激酶的活性值E-ratio＝(a/A)/(b/B)；其中，a为肝癌组织中每个激酶的强度，A为肝癌组织中所有激酶总强度，b为正常肝组织中每个激酶的强度，B为正常肝组织中所有激酶总强度。