[发明专利]用于确定头颈部鳞状细胞癌的方法

说明书

本发明涉及一种基于测量特定基因集的CpG岛的超甲基化和/或低甲基化水平，确定头颈部鳞状细胞癌，优选地在早期，的体外进行的方法。

描述

本发明涉及一种基于测量特定基因集的CpG/CpG岛的超甲基化和/或低甲基化水平，确定头颈部鳞状细胞癌，优选地在早期，的体外进行的方法。

背景

口腔癌和咽癌合在一起，是世界上第六大常见癌症。每年估计发病率为约60万，这些病例中的三分之二发生在发展中国家。这些肿瘤的死亡率保持不变(在诊断后5年内为50％)，并且主要与吸烟和酒精摄入相关。口腔癌患者通常在晚期被诊断，这与较差的预后和较高的放疗和化疗发病率相关。此外，患者的生活质量受到极大的损害，因为外科疗法通常包括毁伤，这通常对吞咽、言语和身体外观具有显著的影响。

特别地，口腔鳞状细胞癌(OSCC)是最常见的头颈部鳞状细胞癌(HNSCC-影响头颈部区域的赘生性疾病)，并且通常在口腔癌前病变(OPML)之前。OPML的临床特征和组织学特征不能够提供识别病变的足够信息，导致在随访期间经受恶性转化并发展OSCC的高风险。此外，受OSCC影响的患者可以发展第二原发性OSCC，发生率范围为在17％和30％之间。

虽然口腔容易被检查触及，但是若干因素限制了OPML的识别和早期治疗。为此目的，目前用于筛查和检测的金标准是由保健专业人员在常规牙科或体检中进行口外和口内检查期间的视觉和触觉触诊。

然而，该疾病在其最早期不容易识别，并且经常躲避医学和牙科专业人员，因为它可能是“隐匿的”，或者隐藏在普通视野之外。事实上，看起来正常的组织通常可能将真相隐藏在黏膜表面下方的细胞中。

如果疾病在最早期(I期或II期)被识别--用于识别的理想时间是发育异常的细胞能够突破基底膜之前--则总体五年存活率大于80％。

不幸地，该侵袭性和破坏性疾病的表现往往在晚期(III-IV期)被检测到，此时病变通常进展如此之深，以至于没有根治性手术干预和患者的生活质量的显著损失来进行治疗是不可能的。

特别地，OSCC或高度鳞状上皮内病变(HG-SIL)通常基于切取活检来诊断。然而，切取活检需要微创外科方法，这可能产生不适并且被患者拒绝。

从上文报道的评论中可以明显看出，需要改进的口腔癌预防、早期检测、诊断和临床管理工具来识别高风险患者，诸如那些暴露于吸烟和酒精消耗的患者、没有充分获得医疗保健的患者，以及具有可能进展为癌性病变的高风险病变诸如黏膜白斑病的患者。特别地，考虑到HNPCC的广泛程度，对开发早期检测这种肿瘤，并且特别地是可能发展成赘生性病变的口腔癌前病变(OPML)，以便减轻OSCC的负担的非侵入性方法存在巨大需求。

在过去十年中，在亚硫酸氢盐处理前的定量甲基化特异性PCR(qMSP)已经被提出作为评估在OSCC检测中有用的生物标志物的方法。在这方面，先前已经研究了各种基因在OSCC组织中的启动子甲基化状态。Guerrero–Preston等人，2014和相关专利申请WO2015066170A1涉及HNSCC中的综合性的整合基因组和表观基因组分析，聚焦于识别同时具有启动子甲基化、突变和表达下调的基因。特别地，这些文献评估了PAX1、PAX5、ZIC4和PLCB1的甲基化模式。

此外，Morandi等人开发了通过对口腔黏膜进行表观遗传修饰分析，评估GP1BB和ZAP70甲基化状态，来早期检测OSCC和HG-SIL的非侵入性方法(Morandi,L.2015)。

然而，上文提及的研究由于病例数目和方法的低灵敏度和特异度而受到限制。因此，仍然认为需要识别允许早期且准确检测HNSCC，特别是HG-SIL/OSCC的方法。这不容易获得，还因为识别关键基因并在它们的序列上定位信息性和有效的甲基化位点不是寻常和明显的活动。事实上，熟知的是，例如，参与癌变的基因网络非常复杂且广泛，并且基因的启动子区域跨越多于1000个碱基对且包含约100个潜在的甲基化位点。