[发明专利]间变性淋巴瘤激酶(ALK)核酸和ALK融合转录物的基于血浆的检测及其在癌症诊断和治疗中的用途

说明书

本发明总体涉及生物标志物分析，特别是确定来自生物样品(包括血浆样品)的基因表达特征的领域。

相关申请

本申请要求2016年4月15日递交的美国临时申请第62/322982号的权益，其内容通过参考以其整体合并到本文中。

发明领域

本发明总体涉及生物标志物分析，特别是确定来自生物样品(包括血浆样品)的基因表达特征的领域。

背景

增加对癌细胞中发生的遗传和表观遗传变化的了解提供一种通过分析肿瘤相关核酸序列和谱来检测、表征和监测肿瘤的机会。这些变化可通过检测多种癌症相关生物标志物中的任何一种观察到。各种分子诊断测定用于检测这些生物标志物，并为患者、医生、临床医生和研究人员提供有价值的信息。迄今为止，主要已对源自手术切除的肿瘤组织或通过活检获得组织的癌细胞实施了这些测定。

然而，使用体液样品实施这些测试的能力时常比使用患者组织样品更理想。侵入性较小的使用体液样品的方法在患者福利、实施纵向疾病监测的能力及甚至在组织细胞不易得到时获得表达谱的能力方面具有广泛含意。

因此，需要可靠地检测生物标志物(例如血浆微泡中的生物标志物)的新的非侵入性方法，以助于疾病或其他医学病症的诊断、预后、监测或治疗选择。

发明概述

本发明属于生物技术的技术领域。更具体地讲，本发明属于分子生物学的技术领域。

在分子生物学中，分子(例如核酸)可从人体样品材料(例如血浆和其他生物液体)分离，并用广泛范围的方法学进一步分析。

人体生物液体含有细胞及身体所有细胞脱落的无细胞分子来源。无细胞来源包括胞外囊泡 (EV)和其中携带的分子(例如RNA、DNA、脂质、小代谢物和蛋白质)及无细胞DNA(其可能源自凋亡和坏死组织)。

因为无细胞核酸(例如外泌体和其他EV中含有的RNA (exoRNA)、外泌体和其他EV中含有的DNA (exoDNA)、游离循环或无细胞DNA (cfDNA))不仅由正常体细胞脱落，而且还由异常癌细胞脱落，因此从人体血液样品分离外泌体核酸和DNA可揭示患者癌细胞的存在和类型。

非小细胞肺癌(NSCLC)占所有诊断肺癌的约85%。从NSCLC获得组织活检具有挑战性，并且多达30％的患者没有用于基因分子分析的组织，因此监测血液中的突变作为液体活检被证明是有用的。本文提供的组合物和方法使用源自细胞生命过程(例如外泌体RNA(exoRNA)释放)的信息，这导致测定极其灵敏。应该理解，尽管本文提供的实施例证实了exoRNA的分离，但是本文提供的方法和试剂盒可用于共分离样品中存在的外泌体核酸(例如exoRNA和/或exoDNA)的任何组合。

患者的ALK融合转录物(例如EML-ALK融合转录物)的存在和数量可用于指导或选择治疗选项。

这里我们描述了基于PCR的测定在从人体生物液体分离的exoRNA的应用，其以高灵敏度和特异性检测ALK融合转录物，例如EML-ALK融合转录物。

本发明为一种使用外泌体RNA从样品提取到核酸分析的完整工作流程。现有技术的机器学习和数据挖掘技术应用于实时仪器生成的qPCR数据，以区分阳性样品与阴性样品或者量化阳性样品或阴性样品的强度(strength)。

本公开提供检测生物样品中的一种或多种生物标志物的方法，以助于对疾病(例如癌症)的诊断、预后、监测或治疗选择。本文提供的方法和试剂盒可用于检测来自血浆样品的一种或多种生物标志物。本文提供的方法和试剂盒可用于检测来自血浆样品微泡部分的一种或多种生物标志物。