[发明专利]用于在癌症患者中预测药物反应性的方法

权利要求书

1.一种测试来自癌症患者的组织样品中的对分泌型磷脂酶sPLA₂可水解的含顺铂脂质体具有敏感性或抗性的一种或多种生物标志物的表达的方法，该方法包括：

(a)确定所述组织样品中一种或多种选自SEQ ID NO: 1-95的敏感性生物标志物或其互补体的表达水平，其中敏感性是指细胞或组织对用sPLA₂可水解的含顺铂脂质体治疗的反应性；和

(b)确定所述组织样品中一种或多种选自SEQ ID NO: 96-205的抗性生物标志物或其互补体的表达水平，其中抗性是指细胞或组织对用sPLA₂可水解的含顺铂脂质体治疗的无反应性。

2.根据权利要求1所述的方法，其中：

(a)确定步骤(a)的结果与已知具有敏感性的参考细胞或组织中所述一种或多种敏感性生物标志物的表达水平基本类似，其中所述敏感性基于NCI 60细胞系的GI50数据；或

(b)确定步骤(b)的结果与已知具有抗性的参考细胞或组织中所述一种或多种抗性生物标志物的表达水平基本类似，其中所述抗性基于NCI 60细胞系的GI50数据。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述组织样品是肿瘤样品。

4.根据权利要求1所述的方法，其中：

(a)通过收集来自所述样品的核酸分子和，使用附接一种或多种单链核酸分子的装置检测所述一种或多种生物标志物的表达水平，来确定所述样品中所述一种或多种敏感性生物标志物的表达水平，其中所述核酸分子与所述一种或多种敏感性生物标志物特异性杂交；和

(b)通过收集来自所述样品的核酸分子和，使用附接一种或多种单链核酸分子的装置检测所述一种或多种生物标志物的表达水平，来确定所述样品中所述一种或多种抗性生物标志物的表达水平，其中所述核酸分子与所述一种或多种抗性生物标志物特异性杂交。

5.根据权利要求4所述的方法，其中：

(a)所述装置是微阵列或用于进行定量逆转录聚合酶链式反应qRT-PCR；和

(b)所述装置的所述一种或多种单链核酸分子具有在10至100个核苷酸的长度范围内的长度；和

(c)将所述一种或多种单链核酸分子标记或固定在固体基质上。

6.根据权利要求4所述的方法，其中所述单链核酸分子的所述一种或多种具有在20至60个核苷酸的范围内的长度。

7.根据权利要求2所述的方法，其中：

(a)如果所述样品中所述一种或多种敏感性生物标志物或其互补体的水平与已知对sPLA₂可水解脂质体敏感的所述参考细胞或组织中的所述一种或多种敏感性生物标志物或其互补体的水平基本类似，则确定患者的癌症对sPLA₂可水解的含顺铂脂质体有反应；或

(b)如果所述样品中所述一种或多种抗性生物标志物或其互补体的水平与已知对sPLA₂可水解的含顺铂脂质体具有抗性的所述参考细胞或组织中的所述一种或多种抗性生物标志物或其互补体的水平基本不类似，则确定患者的癌症对sPLA₂可水解的含顺铂脂质体有反应；或

(c)如果所述样品中所述一种或多种敏感性生物标志物或其互补体的水平与已知对sPLA₂可水解的含顺铂脂质体敏感的所述参考细胞或组织中的所述一种或多种敏感性生物标志物或其互补体的水平显著不同，则确定患者的癌症对sPLA₂可水解的含顺铂脂质体无反应；或

(d)如果所述样品中所述一种或多种抗性生物标志物或其互补体的水平与已知对sPLA₂可水解的含顺铂脂质体具有抗性的所述参考细胞或组织中的所述一种或多种抗性生物标志物或其互补体的水平基本类似，则确定患者的癌症对sPLA₂可水解的含顺铂脂质体无反应。

8.根据权利要求2所述的方法，其中已知对脂质体敏感的参考细胞或组织或已知对脂质体具有抗性的细胞或组织与所述一种或多种核酸分子从其中衍生的患者肿瘤样品中的细胞或组织的癌症类型相同。