[发明专利]序列比对的状态监控装置及方法

说明书

本发明提供了一种序列比对的状态监控装置及方法，其中，在该序列比对的状态监控装置中包括：序列比对模块，用于逐个将比对序列中的碱基与参考序列比对；与序列比对模块连接的比对结果输出模块，用于根据序列比对模块的比对，针对比对序列中的每个碱基输出一个比对结果；与比对结果输出模块连接的响应模块，用于根据比对结果输出模块输出的比对结果播放预设声音，实现对序列比对状态的监控。其将视觉的比对结果转换为听觉，以此相关人员能够直接利用听觉的功能，根据判断听到的不同预设声音的情况来直接获得序列比对结果的好坏，不仅可以免去解读繁琐的序列结果文件，而且可以随时监测序列比对的比对状态，简单易懂，方便快捷。

技术领域

本发明涉及生物信息技术领域，尤其涉及一种序列比对的状态监控装置及方法。

背景技术

序列比对是生物信息学的基本组成和重要基础，其基本思想是，基于生物学中序列决定结构、结构决定功能的普遍规律，将核酸序列和蛋白质一级结构上的序列都看成由基本字符组成的字符串，检测序列之间的相似性，找出序列之间共同的区域，同时辨别序列之间的差异。目前实现序列比对的软件虽然很多，但是对于结果的处理都有些许欠缺，缺乏易读性，相关人员往往都需要研究很久才能看懂结果文件，大大浪费了时间。

发明内容

针对上述问题，本发明提供了一种序列比对的状态监控装置及方法，有效解决现有技术中序列比对结果缺乏易读性等技术问题。

本发明提供的技术方案如下：

一种序列比对的状态监控装置，包括：

序列比对模块，用于逐个将比对序列中的碱基与参考序列比对；

与所述序列比对模块连接的比对结果输出模块，用于根据所述序列比对模块的比对，针对比对序列中的每个碱基输出一个比对结果；

与所述比对结果输出模块连接的响应模块，用于根据所述比对结果输出模块输出的比对结果播放预设声音，实现对序列比对状态的监控。

进一步优选地，在所述状态监控装置中还包括分别与序列比对模块和比对结果输出模块连接的打分模块，所述打分模块根据所述序列比对模块的比对进行打分；所述比对结果输出模块根据所述打分模块的打分输出不同的比对结果。

进一步优选地，在所述打分模块中，当序列比对模块比对出比对序列中的一碱基与参考序列相应位置的碱基相同，打出第一预设分数；当序列比对模块比对出比对序列中的一碱基与参考序列相应位置的碱基不同，打出第二预设分数。

进一步优选地，在所述比对结果输出模块中，当打分模块打出第一预设分数，输出第一预设二进制数；当打分模块打出第二预设分数，输出第二预设二进制数；

在所述响应模块中，当比对结果输出模块输出第一预设分数，响应第一预设声音；当比对结果输出模块输出第二预设分数，响应第二预设声音。

进一步优选地，所述状态监控模块中还包括与所述响应模块连接的比对结果判断模块，所述比对结果判断模块在比对序列比对结束后根据不同预设声音的播放时间判断整个比对序列的比对状态。

本发明还提供了一种序列比对的状态监控方法，包括：

逐个将比对序列中的碱基与参考序列比对；

输出比对序列中的每个碱基的比对结果；

根据比对结果播放预设声音，实现对序列比对状态的监控。

进一步优选地，在步骤逐个将比对序列中的碱基与参考序列比对之后，还包括：根据比对序列中各碱基的比对进行打分；

在步骤输出比对序列中的每个碱基的比对结果中，具体为：根据打分输出不同的比对结果。

进一步优选地，在步骤根据比对序列中各碱基的比对进行打分中，包括：