[发明专利]蛋白组基因组分析系统和方法

权利要求书

1.从生物样品中提取大分子的方法，所述方法包括：

提供具有含有核酸和蛋白质的多个细胞的生物样品；

裂解所述细胞以产生含有核酸和蛋白质的至少一部分的裂解物；

烷基化、还原和酶促消化所述裂解物中的蛋白质；和

将核酸与经消化的蛋白质分离。

2.权利要求1的方法，其中所述核酸包括DNA和RNA。

3.权利要求1的方法，其中所述生物样品包括福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织切片，并且其中所述方法优选包括在裂解细胞之前对所述生物样品进行脱蜡。

4.权利要求3的方法，其中所述FFPE组织切片的厚度为约3至10微米，优选为约7微米。

5.权利要求3的方法，还包括通过激光捕获显微切割(LCM)捕获所述FFPE组织切片的一部分。

6.权利要求1的方法，其中裂解细胞包括在裂解缓冲液中孵育所述生物样品。

7.权利要求6的方法，其中所述裂解缓冲液包含：

变性剂，变性组分优选包含浓度高达约8M的盐酸胍；

缓冲剂，所述缓冲剂优选包含浓度高达约250mM的三(羟甲基)氨基甲烷盐酸盐(Tris-HCl)；

有机溶剂，所述有机溶剂优选包含浓度高达约10％v/v的正丙醇；和

还原剂，所述还原剂优选包含浓度高达约50mM的二硫苏糖醇(DTT)、二硫代丁胺(DTBA)、2-巯基乙醇(2-ME)或谷胱甘肽，

pH为约4至8.6。

8.权利要求6的方法，其中所述裂解缓冲液包含约8M盐酸胍、约250mMTris-HCl、约2％v/v正丙醇和约50mM二硫苏糖醇(DTT)，pH为约8.6。

9.权利要求6的方法，其中孵育的温度不高于85℃。

10.权利要求6的方法，其中孵育少于30分钟。

11.权利要求6的方法，其中在约65℃孵育约15分钟。

12.权利要求6的方法，其中在约55℃孵育约1小时，然后在约85℃孵育约1小时。

13.权利要求1的方法，其中烷基化包括向所述裂解物中加入烷化剂，烷化剂优选包含浓度为约0至5mM的碘乙酰胺(IAM)或甲基硫代磺酸甲酯(MMTS)。

14.权利要求1的方法，其中还原包括向所述裂解物中加入还原剂，所述还原剂优选包含浓度为约0至50mM的二硫苏糖醇(DTT)、三(2-羧乙基)膦、二硫代丁胺(DTBA)、2-巯基乙醇(2-ME)或谷胱甘肽。

15.权利要求1的方法，其中酶促消化包括在蛋白酶存在下孵育所述裂解物，所述蛋白酶优选包含浓度为约0至50mM或最终蛋白酶与蛋白质之比为1:1至1:1000(w/w)的胰蛋白酶、蛋白酶k或胃蛋白酶。

16.权利要求15的方法，其中酶促消化还包括在添加蛋白酶之前用稀释缓冲液稀释裂解物，所述稀释缓冲液包含：

缓冲剂，所述缓冲剂优选包含浓度高达约1000mM的Tris-HCl；和

金属辅因子，所述金属辅因子优选包含浓度高达约1000mM的CaCl2，

pH为约4至10。

17.权利要求1的方法，其中顺序地进行烷基化、还原和酶促消化。