[发明专利]基于SNP位点的川金丝猴遗传监测和繁育管理方法

说明书

技术领域

本发明涉及川金丝猴的遗传多样性监测和家庭繁育管理，具体涉及基于SNP位点的遗传多样性监测和家庭繁育管理方法。

背景技术

川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)，隶属于灵长目、猴科、疣猴亚科、仰鼻猴属，是我国特有物种，国家I级重点保护保护野生动物，被国际自然保护联盟(International Union for Conservation of Nature，IUCN)名录列为易危(IUCN，2011)。目前川金丝猴仅分布于几个相互隔离的地区(四川北部及甘肃南部、陕西秦岭和湖北神农架3个地区)，其中神农架金丝猴种群是分布在最东端的孤立金丝猴群，在川金丝猴的保护和研究中具有重要的价值。

川金丝猴在我国已有60年的饲养和展出历史，深受国内外游客的喜爱。1956年北京动物园首次饲养展示金丝猴，并于1964年首次圈养繁殖成功。自20世纪70年代后，全国动物园饲养展示金丝猴的单位逐渐增多，饲养繁殖水平逐渐提高。目前国内饲养展示金丝猴的单位有40家，圈养金丝猴种群数量达400余只。川金丝猴的圈养种群在2000年之前，野外捕获个体数大于圈养出生个体数，种群发展主要依靠野外个体进入种群，之后圈养出生个体数大于野外捕获个体数，并逐年增长，到2015年种群中野外捕获个体49只，圈养出生个体378只，种群增长完全依靠圈养个体繁殖，野外引入越来越少，因此，种群存在近亲繁殖和遗传多样性丧失的风险。

遗传多样性是物种是否适应外界不良环境的潜在能力和长期发展的基础和重要指标。特别是对那些珍稀濒危物种的遗传多样性研究，掌握其目前的遗传变异水平和遗传结构，根据现状制定与实际情况相应的保护和管理措施，这对濒危野生动物的保护具有重要的意义。如何避免近亲繁殖是小种群保护与管理必须解决的问题。近亲繁殖会导致诸如后代生存力下降、繁殖适应度降低以及死亡率高等近交衰退现象，同时还会导致种群遗传多样性快速丢失，从而影响种群的长期发展。对于圈养种群来说，需要一定的个体来缓解近亲的几率，种群个体之间因亲缘关系的差异，其近交的程度也会不同。一般来说越是亲近个体之间交配繁殖，越容易受到近交带来的后果影响。

利用遗传标记进行濒危动物的遗传多样性监测和保护管理，为濒危物种的保护提供了重要的科学依据。单核苷酸多态性(SNP)分子标记是随着人类基因组计划的进展而发现的新的DNA遗传标记，是第三代分子标记的代表。SNP具有以下特点：(1)位点遗传稳定性高，基于单核苷酸的突变频率较低，所以遗传的稳定性相对高；(2)位点密度高且分布广，人类基因组大约平均每1000bp就会出现一个SNP位点(唐立群等，2012)，在其他哺乳类动物中，约每500～1000bp出现1个SNP位点(曾燕如等，2003)，在一些植物中，如水稻、玉米，大豆等农作中，SNP位点的分布更为频繁(Nasu et al.，2002；Kanazin etal.，2002；李兆波等，2010)；(3)位点具有代表性，SNP位点可能分布在基因的编码区，可能是直接导致生物的某性状发生变异和病变的直接因素，这将是个体性状遗传机理研究提供一定的科学依据；(4)检测快速，SNP位点大部分是由2个等位基因组成，即为二态性，不需像建立在凝胶电泳基础上的分子标记，检测片段的长度，实验步骤繁琐，进展速度相对较慢，而是直接测序，用序列比对的方式来发现差异，检测实施自动化，极大提高实验的效率。

随着分子生物学技术的快速发展，SNP位点与芯片技术以及DNA微阵列相结合，加上很多物种基因组测序的完成，SNP标记在生命科学领域具有重大的发展潜力和广阔的应用前景。SNP标记已在遗传图谱(Aslam et al.，2010)、全基因组关联分析及相关验证(Zhou et al.，2014)、群体遗传学分析(Xu et al.，2013)、群体进化(Zhao et al.，2013)等相关研究领域。

发明内容

本发明的目的是利用简化基因组测序(RAD-seq)测序方法，获取川金丝猴的SNP位点，建立一套用于川金丝猴个体遗传多样性监测和繁殖群体的动态家庭关系管理的方法。

为了达到上述目的，本发明的技术方案提供了一种进行川金丝猴RAD-seq的测序方法，获取SNP位点，并进行川金丝猴个体的遗传多样性监测和繁殖群体的动态家庭关系的管理方法。本发明提供一种川金丝猴个体遗传多样性监测方法，该方法包括以下步骤:

(1)采集川金丝猴血液样品，提取血液样品的基因组DNA；

(2)利用RAD-seq进行基因组DNA测序：