[发明专利]分析细胞增殖性病症的方法和核酸

权利要求书

1.用于确定Septin 9的CpG甲基化的工具在制备用于检测和/或分类个体中癌症的方法的试剂盒中的用途，所述方法包括确定分离自所述个体的生物样品中Septin 9的CpG甲基化，其中CpG甲基化表明所述癌症存在或其种类。

2.如权利要求1所述的用途，其中所述癌症为肝细胞或结肠直肠癌。

3.用于确定Septin 9的CpG甲基化的工具在制备用于检测和/或分类个体中癌症的方法的试剂盒中的用途，所述方法包括使从所述个体生物样品中分离的基因组DNA与至少一种试剂或成组试剂接触，所述至少一种试剂或成组试剂区分所述基因组DNA至少一个靶区域内甲基化和未甲基化CpG二核苷酸，其中所述靶区域包含或在严紧条件下杂交于至少一种分别选自SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:3的序列的至少16连续核苷酸的序列，其中所述连续核苷酸包含至少一个CpG二核苷酸序列，由此至少部分地提供对癌症的检测和/或分类。

4.用于确定Septin 9的CpG甲基化的工具在制备用于检测和/或分类癌症的方法的试剂盒中的用途，所述方法包括：

a.提取或以其它方式从所述个体生物样品分离基因组DNA；

b.用一种或多种试剂处理a)的所述基因组DNA或其片段，以便将其5位未甲基化的胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶或在杂交性能方面可检测地不同于胞嘧啶的其它碱基；

c.使所述经处理的基因组DNA或其经处理的片段与扩增酶和至少一种引物接触，所述引物包括至少9核苷酸的连续序列，其互补于或在中等严紧或严紧条件下杂交于选自SEQID NO:4至SEQ ID NO:15及其互补序列的序列，其中所述经处理的基因组DNA或其片段被扩增以产生至少一种扩增产物或不被扩增；以及

d.基于所述扩增物是否存在或其性质，确定选自SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:3的序列的至少一个CpG二核苷酸的甲基化状态或水平，或者反映选自SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:3的序列的多个CpG二核苷酸平均甲基化状态或水平的均值或值，由此至少部分地提供至少检测和分类癌症之一。

5.如权利要求3所述的用途，其中b)中处理所述基因组DNA或其片段包括使用选自亚硫酸氢盐、酸式亚硫酸盐、disulfite及其组合的试剂。

6.如权利要求3所述的用途，其中c)中的接触或扩增包括使用至少一种选自如下的方法：使用耐热DNA聚合酶作为所述扩增酶；使用缺乏5’-3’外切酶活性的聚合酶；使用聚合酶链式反应(PCR)；产生带有可检测标记的扩增产物核酸分子。

7.如权利要求1-6中任一项所述的用途，其中从所述个体获得的所述生物样品选自细胞系、组织学切片、组织活检、石蜡包埋的组织、体液、粪便、结肠流出物、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞，或其组合。

8.如权利要求4所述的用途，还在步骤d)中包括使用至少一种核酸分子或肽核酸分子，其在各种情况下都包含互补于或在中等严紧或严紧条件下杂交于选自SEQ ID NO:4至SEQID NO:15序列及其互补序列的至少9核苷酸长度的连续序列，其中所述核酸分子或肽核酸分子抑制其所杂交的所述核酸的扩增。

9.如权利要求4所述的用途，其中d)中的确定包括至少一种核酸分子或肽核酸分子的杂交，所述至少一种核酸分子或肽核酸分子在各种情况下包含互补于或在中等严紧或严紧条件下杂交于选自SEQ ID NO:4至SEQ ID NO:15序列及其互补序列的至少9核苷酸长度的连续序列。

10.如权利要求9所述的用途，其中至少一种这种杂交核酸分子或肽核酸分子被连接到固相。

11.如权利要求9所述的用途，还使至少一种这种杂交的核酸分子延伸至少一个碱基。