[发明专利]一种CUX1蛋白可结合DNA片段及在CUX1活性检测中的应用

说明书

本发明涉及一种CUX1蛋白可结合的DNA片段，其包含一个或多个CUX1蛋白结合框，所述CUX1蛋白结合框的序列为5’‑ATCGAT‑3’或5’‑ATCAAT‑3’；还涉及该DNA片段的应用；还涉及一种用于检测细胞内CUX1转录调控活性的方法。通过使用本发明的DNA片段和方法，可直接针对性地检测细胞内CUX1的转录调控活性，而非仅仅检测其转录本或蛋白质的含量，从而使得能够更准确地分析CUX1作为转录因子在一些病理学发展中所起的作用。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，更特别地，涉及一种CUX1蛋白可结合的DNA片段及其在检测细胞内CUX1转录调控活性中的应用。

背景技术

CUX1(CCAAT displacement protein)，又名为CDP/Cux/Cut(CCAAT-displacementprotein/cut homeobox)，是一类在多细胞物种中分布极其广泛的转录家族蛋白，在基因转录调控中发挥至关重要的作用，此外，该分子也参与基因转录后水平的调控，具有多种生物学功能。多项研究表明：CUX1作为一个转录因子，可与多种原癌基因启动子区域(转录起始位点上游-2000bp左右)结合并调控其表达。

研究认为：CUX1蛋白可通过其特有的DNA结合域与多种蛋白质和DNA结合，发挥其生物学功能。并且CUX1的功能具有双面性，即可以激活也可以抑制基因启动子及转录，影响细胞的生长、增殖、分化和凋亡等过程。研究还发现，在表达过程中，CUX1蛋白有不同的剪切变体，它们对靶基因的调控作用并不一致。CUX1蛋白全长分子，即P200，与DNA的结合具有不稳定性，多表现为转录抑制；而经过溶酶体组织蛋白酶L水解之后的截短产物，即P110等，其与靶基因的结合更稳定，多参与转录激活的过程，更多被当作一个转录因子进行研究。

CUX1蛋白结合位点的改变可能造成其活性的改变，引起细胞功能紊乱，最终导致疾病的发生，甚至诱发恶性肿瘤。因此，检测CUX1的转录调控活性对于探知细胞内部的病理发生机制十分重要。然而，目前检测CUX1内源性活性仍然依靠Western Blot或qRCR等方法，虽然灵敏度高，但检测到的只是CUX1蛋白和mRNA含量的差异，并不能直接体现其作为转录因子结合至靶序列以调控转录的活性改变。我们需要检测的不仅是CTCF的转录本或蛋白质含量，而是需要检测CTCF结合至有效位点以影响转录的活性。

因此，需要设计一种新的用于检测细胞内CUX1转录调控活性的方法。

发明内容

发明人通过研究发现，CUX1蛋白结合的DNA序列存在高度的保守性，其结合的DNA核心序列为ATCRAT(R表示A、G)。

基于以上研究，本发明提供了一种CUX1蛋白可结合的DNA片段，其包含一个或多个CUX1蛋白结合框，每个所述CUX1蛋白结合框的序列独立地为5’-ATCGAT-3’和/或5’-ATCAAT-3’。

优选地，当包含多个CUX1蛋白结合框时，每两个相邻的CUX1蛋白结合框之间具有间隔序列，并且每两个相邻的CUX1蛋白结合框之间的间隔序列各自独立地为3-10bp长。

优选地，序列如SEQ ID NO:1所示。

本发明还提供了上述DNA片段在检测细胞内CUX1转录调控活性中的应用。

本发明还提供了一种用于检测细胞内CUX1转录调控活性的方法，其包括以下步骤：

S1：将包括上述DNA片段以及连接于所述DNA片段下游的报告基因表达框的报告基因系统导入所述细胞；

S2：通过检测所述报告基因的表达来计算所述细胞内CUX1转录调控活性。