[发明专利]用于评估杂合性丢失的方法与材料

权利要求书

1.能够与人类基因组DNA的多个多态性区域杂交的至少500个寡核苷酸在制备诊断试剂盒中的应用，所述诊断试剂盒用于确定癌症患者是否对包括紫杉醇或多烯紫杉醇的治疗方案作出响应的方法，所述方法包括：

在来自所述癌症患者的癌细胞中确定所述癌症患者的癌细胞的至少一对人类染色体上的长于或等于第一长度但是短于包含LOH区域的整条染色体长度的LOH区域的总数，其中所述至少一对人类染色体不是人类X/Y性染色体对，其中所述第一长度为11百万碱基或更多百万碱基，并且其中所述癌细胞是乳腺癌细胞、卵巢癌细胞、食管癌细胞或肺癌细胞；并且

将等于或大于参考数的所述总数与所述癌症患者将不会响应包括紫杉醇或多烯紫杉醇的治疗方案的可能性增加相关联，其中所述参考数至少为9。

2.根据权利要求1所述的应用，其中所述LOH区域在至少2、5、10或21对人类染色体中被确定。

3.根据权利要求1所述的应用，其中所述癌细胞是卵巢癌、乳腺癌或食管癌细胞。

4.根据权利要求1所述的应用，其中所述LOH区域的总数是9、15、20或更多。

5.根据权利要求1所述的应用，其中所述第一长度为15百万碱基或更多百万碱基。

6.根据权利要求1所述的应用，其中所述参考数至少是10。

7.根据权利要求1所述的应用，还包括将大于或等于参考数的所述总数与所述癌症患者将会响应包括DNA损伤剂、蒽环类、拓扑异构酶I抑制剂、放射治疗、或PARP抑制剂的治疗方案的可能性增加相关联。

8.根据权利要求7所述的应用，其中所述DNA损伤剂是铂-基化疗药物；所述蒽环类是表阿霉素或阿霉素；所述拓扑异构酶I 抑制剂是喜树碱、托普替康或伊立替康；或所述PARP抑制剂是iniparib、olaparib或velapirib。

9.根据权利要求8所述的应用，其中铂-基化疗药物是顺铂、卡铂、奥沙利铂或吡铂。

10.能够与人类基因组DNA的多个多态性区域杂交的至少500个寡核苷酸在制备用于在评估患者的癌症的HDR状态中确定LOH区域数目的诊断试剂盒中的应用，其中所述诊断包括：

(a) 使用所述至少500个寡核苷酸，在癌细胞或来源于其的基因组DNA中检测所述癌细胞的至少一对人类染色体上的LOH区域，其中所述至少一对人类染色体不是所述癌细胞或来源于其的基因组DNA的人类X/Y性染色体对，并且其中所述癌细胞是乳腺癌细胞、卵巢癌细胞、食管癌细胞或肺癌细胞；并且

(b) 确定所述LOH区域的总数目，所述LOH区域的长度为长于或等于第一长度但是短于包含所述LOH区域的整条染色体的长度，其中所述第一长度为11百万碱基或更多百万碱基；并且其中9个或更多的所述LOH区域的数目将患者的肿瘤识别为HDR缺陷型，或者其中小于9个的所述LOH区域的数目将患者的肿瘤识别为非HDR缺陷型。

11.根据权利要求10所述的应用，其中所述至少一对人类染色体代表整个基因组。

12.根据权利要求10所述的应用，其中所述诊断进一步包含将HDR缺陷型肿瘤与响应于包括DNA损伤剂、蒽环类、拓扑异构酶I抑制剂、放射治疗或PARP抑制剂的治疗方案相关联，或将非HDR缺陷型肿瘤与响应于不包括DNA损伤剂、蒽环类、拓扑异构酶I抑制剂、放射治疗或PARP抑制剂的治疗方案相关联。

13.根据权利要求12所述的应用，其中所述第一长度为15百万碱基、16百万碱基、17百万碱基、18百万碱基、19百万碱基、20百万碱基、25百万碱基、30百万碱基、35百万碱基、40百万碱基、45百万碱基、50百万碱基、75百万碱基或100百万碱基。