[发明专利]用于检测肿瘤FFPE样本中基因变异的试剂盒

说明书

技术领域

本发明属于分子体外诊断领域，具体涉及特别适用于肿瘤FFPE样本中基因变异的试剂盒。

背景技术

肿瘤组织多采用FFPE(formalin-fixed paraffin-embedded，福尔马林固定石蜡包埋)样品的形式进行保存。数量巨大的归档FFPE样本为回顾性研究，阐明疾病机制，发现治疗靶标和指示预后提供宝贵的资源。但FFPE样本研究极具挑战，首先石蜡包埋的医疗样本十分珍贵，每个样本总量都很有限且不可替代。其次FFPE样本在制造的过程中，福尔马林的固定会使组织中的核酸发生不同程度的降解和分子间的交联，石蜡高温深入过程进一步加速核酸的降解，保存的时间及环境对样品中的核酸也有巨大影响。因此如何从有限的且容易发生核酸降解的FFPE样本中成功检测核酸的变异情况，是用于分子水平回顾性研究的关键。

有研究显示，肿瘤的产生通常伴随着核酸的变异。常见的变异类型有SNV(single nucleotide variant，单核苷酸变异)、CNV(Copy Number Variation，拷贝数变异)及FUSION(融合)等。

随着新一代测序技术(next generation sequencing，NGS)的迅猛发展，大大的提高了测序速度，同时测序成本显著降低。基于新一代测序技术平台，临床上应用最广的方法为在同一个PCR反应体系中加入多对引物，能够同时扩增多个DNA片段的多重PCR测序技术。

目前，很多公司推出了多重PCR方法富集肿瘤相关基因区域的试剂盒，如Qiagen公司的GeneRead DNAseq Colorectal Cancer Panel、Illumina公司的TruSight Tumor 15、Illumina公司的TruSeq Amplicon Cancer Panel等，但是 这些试剂盒只能检测SNV，对于CNV和FUSION，该类产品均不能准确检出，因此，多重PCR方法的适用性受到较大的限制。

发明内容

鉴于上述现有技术中存在的不足，本发明的目的在于提供一种用于检测肿瘤FFPE样本中基因变异的试剂盒，使用该试剂盒进行基因检测，并通过高通量测序平台进行测序，能够同时稳定的检出基因SNV、CNV以及FUSION。

本发明的发明人为解决上述问题进行了深入研究，结果发现：在肿瘤FFPE样本基因变异的检测方法中，通过使用基因捕获的探针，即针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对FUSION区域设计的探针，，公共引物如SEQ ID NO:1所示，标签引物如SEQ ID NO:2～SEQ ID NO:5所示核苷酸序列。可以同时稳定的检出基因SNV、CNV以及FUSION。

即本发明包括：

1.一种用于检测肿瘤FFPE样本中基因变异的试剂盒，其包括用于基因捕获的探针，所述基因捕获的探针包括：针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对FUSION区域设计的探针，公共引物如SEQ ID NO:1所示，以及标签引物如SEQ ID NO:2～SEQ ID NO:5所示核苷酸序列。

2.根据项1所述的试剂盒，其中，所述肿瘤为胃癌、肺癌、乳腺癌、结直肠癌、肝癌及卵巢癌中的一种或两种以上。

3.根据项1所述的试剂盒，其中，所述基因捕获的探针是生物素化的。

4.根据项1～3中任一项所述的试剂盒，其中，所述基因捕获试剂盒还包括链霉亲和素标记的磁珠。

5.根据项1所述的试剂盒，其中，所述试剂盒还包括用于提供杂交捕获反应的离子环境的缓冲液。

6.根据项1所述的试剂盒，其中，所述试剂盒还包括用于洗脱物理吸附或非特异性杂交的清洗液。

7.根据项1所述的试剂盒，其中，所述试剂盒用于在肿瘤相关基因的基因捕获测序中进行基因捕获；优选地，所述基因捕获测序用于检测肿瘤相关基因的SNV、CNV、以及FUSION。

8.一种肿瘤FFPE样本中基因变异的检测方法，其中，使用项1～7中任一项所述试剂盒进行基因检测。

9.一种用于检测肿瘤FFPE样本中基因变异的二代测序DNA文库的构建方法，其中，包括对构建的文库进行基因捕获的步骤，其中所述基因捕获使用项1～7中任一项所述的试剂盒进行。

10.一种捕获探针，其中，所述基因捕获的探针包括针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、和/或针对FUSION区域设计的探针。

有益效果：相对于现有方法，本发明的试剂盒能够同时检测更多的区域，同时检测出基因SNV、CNV及FUSION。