[发明专利]用于发现预测对检查点抑制剂敏感的MSI和新表位的系统、组合物和方法

权利要求书

1.一种使用免疫疗法改善癌症治疗的方法，包括：

从患者获得来自肿瘤组织和匹配的正常组织的组学数据，并且使用所述组学数据确定多个基于错义的患者特异性和肿瘤特异性新表位；

过滤所述新表位以获得HLA匹配的新表位并定量HLA匹配的新表位；和

一旦确定HLA匹配的新表位的量已超过预定阈值量，向患者施用检查点抑制剂。

2.根据权利要求1所述的方法，其中使用多个不同的个体新表位序列对新表位中的每一个进行过滤新表位的步骤，其中改变的氨基酸在新表位序列内具有不同的位置。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述个体新表位序列长度为7至20个氨基酸。

4.根据权利要求1所述的方法，其中过滤步骤进一步包括通过至少一个事先已知的分子变异进行过滤的步骤，所述分子变异选自由单核苷酸多态性、短缺失和插入多态性、微卫星标志物、短串联重复、杂合序列、多核苷酸多态性和命名变体组成的组。

5.根据权利要求1所述的方法，其中过滤步骤包括测定新表位与该患者的至少一种I型MHC亚型和至少一种II型MHC亚型的亲和力。

6.根据权利要求1所述的方法，其中过滤步骤进一步包括测定新表位的表达水平。

7.根据权利要求1所述的方法，其中HLA匹配的新表位与该患者的至少一种I型MHC亚型或至少一种II型MHC亚型的亲和力等于或小于150nM。

8.根据权利要求1所述的方法，其中定量HLA匹配的新表位包括定量新表位的步骤与该患者的至少一种I型MHC亚型或至少一种II型MHC亚型的亲和力，并测定HLA匹配的新表位的总数。

9.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括通过突变符号过滤HLA匹配的新表位的步骤。

10.根据权利要求9所述的方法，其中突变符号是针对UV诱导的DNA损伤或吸烟诱导的DNA损伤的符号特征。

11.根据权利要求1所述的方法，其中HLA匹配的新表位的预定阈值量为至少100个HLA匹配的新表位。

12.根据权利要求11所述的方法，其中至少100个HLA匹配的新表位与该患者的至少一种I型MHC亚型或至少一种II型MHC亚型的亲和力等于或小于150nM。

13.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括使用组学数据检测患病组织中的微卫星不稳定性(MSI)的步骤。

14.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括使用组学数据检测患病组织中的错配修复缺陷(MMR)的步骤。

15.根据权利要求1所述的方法，其中所述检查点抑制剂是CTLA-4抑制剂或PD-1抑制剂。

16.预测肿瘤对检查点抑制剂的阳性治疗反应的方法，包括：

从患者获得来自肿瘤组织和匹配的正常组织的组学数据，并且使用组学数据确定多个基于错义的患者特异性和肿瘤特异性新表位；

过滤新表位以获得HLA匹配的新表位，并定量HLA匹配的新表位；和

确定HLA匹配的新表位的量已超过预定阈值量时，确定肿瘤对用检查点抑制剂治疗有反应。

17.根据权利要求16所述的方法，其进一步包括通过突变符号过滤HLA匹配的新表位的步骤。

18.根据权利要求16所述的方法，其进一步包括使用组学数据检测患病组织中微卫星不稳定(MSI)和错配修复缺陷(MMR)中的至少一种的步骤。