[发明专利]组织微阵列分析

说明书

本发明涉及数字病理学。为了便于分析组织微阵列，提供用于组织检查的设备。所述设备包括数据输入器(102)、组织微阵列分析单元(104)和输出器(106)。所述数据输入器被配置为接收从组织样品块获得的参照切片的参照图像；和接收包含从至少组织样品块获得的至少一个组织核心的微阵列切片的微阵列图像。所述组织微阵列分析单元被配置为基于各组织核心在组织样品块内的空间排列来将至少一个组织核心的组织核心图像与参照图像配准。输出器被配置为提供从组织微阵列分析单元获得的配准结果用于进一步分析目的。

技术领域

本发明涉及数字病理学领域，且尤其涉及用于组织检查的设备、系统和方法。此外，本发明涉及计算机程序元件以及计算机可读介质。

背景技术

患者材料(例如组织和细胞)的病理学诊断研究是许多治疗决策的基础，例如，在肿瘤学中。在标准解剖病理学中，基于细胞形态学和染色特征进行诊断。疾病诸如癌症的发病机理和进展的研究可能需要使用多种生物标志物用于染色。使用标准组织病理学技术验证这些生物标志物可能是耗时且费力的。

近年来，已经提出组织微阵列来克服这些问题。组织微阵列是通过从不同的石蜡供体块提取组织核心并将这些重新包埋入单个受体(或微阵列)块中作为阵列而产生的石蜡块。因此，组织微阵列可以允许同时高通量分析多个样本。例如，US 2009/0247416 A1描述了用于分析组织微阵列的方法。然而，分析组织微阵列的图像可能是困难的，例如，具有多个组织核心和/或多种染色剂。WO2015063192涉及配准整个组织切片的两个图像的方法。确定第一图像中的不可靠区域，并基于第一图像中不可靠区域之外的区域进行配准。

发明内容

可能需要促进分析组织微阵列。

本发明的目的通过独立权利要求的主题来解决，其中进一步实施方案被并入从属权利要求中。应当注意，本发明的以下描述的方面也适于用于组织检查的设备、系统和方法，以及计算机程序元件和计算机可读介质。

根据本发明的第一个方面，提供用于组织检查的设备。该设备包括数据输入器、组织微阵列分析单元和输出器。数据输入器被配置为接收从组织样品块获得的参照切片的参照图像；接收包含从至少组织样品块获得的至少一个组织核心的微阵列切片的微阵列图像；和将参照图像和微阵列图像提供给组织微阵列分析单元。组织微阵列分析单元被配置为基于各组织核心在组织样品块内的空间布置来将至少一个组织核心的组织核心图像与参照图像配准。输出器被配置为提供从组织微阵列分析单元获得的配准结果用于进一步分析目的。

作为结果，组织核心图像被布置在组织的参照图像(例如，整个载片图像)中的对应位置处。这允许操作者，例如病理学家，在来源组织的整个载片图像的背景中解释组织核心上的染色结果。

根据本发明的一个实例，组织微阵列分析单元进一步被配置为基于配准的组织核心图像的形态信息来鉴定配准的组织核心图像内的目标特征。另外，组织微阵列分析单元被配置为基于形态信息识别参照图像上的外围区域中的匹配特征，其中外围区域围绕各个配准的组织核心图像。此外，组织微阵列分析单元被配置为将配准的组织核心图像内的目标特征的染色模式延伸至外围区域中的匹配特征中，使得染色模式继续通过并超过各个配准的组织核心图像的周界。

作为结果，将染色结果延伸或外推至一个或多个组织核心之外的区域在组织核心周围创建数字染色，这可以便于手动评分和解释。

根据本发明的第二个方面，提供用于组织检查的系统。该系统包括提供图像的设备和根据上文和下文中描述的实例之一的用于组织检查的设备。提供图像的设备被配置为提供从组织样品块获得的参照切片的参照图像。提供图像的设备被进一步配置为提供微阵列切片的微阵列图像，所述微阵列切片包含从至少组织样品块获得的至少一个组织核心。另外，提供图像的设备被配置为将参照图像和微阵列图像提供给用于组织检查的设备。

作为结果，该系统允许来源组织的组织核心图像和参照图像(例如，整个载片图像)中的形态信息的组合，因此使得更容易理解整个样品中(例如，在全部肿瘤中)的组织核心图像的背景。