[发明专利]PARK2作为用于鉴定免疫细胞特别是单核细胞的表观遗传标志物

说明书

本发明涉及用于鉴定单核细胞的方法，特别是体外方法，其包括分析哺乳动物Parkin RBR E3泛素蛋白连接酶(PARK2)的基因区中至少一个CpG位置的甲基化状态，其中当与非单核细胞相比时，所述基因区的去甲基化或缺乏甲基化指示单核细胞。根据本发明的分析可在表观遗传水平上鉴定单核细胞，并在复杂样品(例如其他血液细胞或免疫细胞)中将其与所有其他细胞区分。此外，本发明提供了特别是在复杂样品中定量单核细胞的改进的方法。可在没有纯化和/或富集细胞的步骤情况下，优选在全血和/或未经胰蛋白酶消化的组织中实施所述方法。还要求保护试剂盒以及用作引物或探针的特异性寡核苷酸。

本发明涉及用于鉴定单核细胞的方法，特别是体外方法，其包括分析哺乳动物Parkin RBR E3泛素蛋白连接酶(PARK2)的基因区中至少一个CpG位置的甲基化状态，其中当与非单核细胞相比时，所述基因区的去甲基化或缺乏甲基化指示单核细胞。本发明的分析可在表观遗传水平上鉴定单核细胞，并在复杂样品(例如其他血液细胞或免疫细胞)中将其与所有其他细胞区分。此外，本发明提供了特别是在复杂样品中定量单核细胞的改进的方法。可在没有纯化和/或富集细胞的步骤情况下，优选在全血和/或未经胰蛋白酶消化的组织中实施所述方法。

此外，本发明涉及用于实施上述方法的试剂盒及其相应的用途。本发明一个目的是提供一种定量检测和测量哺乳动物的任何实体器官或组织或任何体液内的血液单核细胞的新的、更稳健的手段。

发明背景

单核细胞是一种类型的白血细胞(白细胞)。它们是所有白细胞中最大的。它们是脊椎动物，包括所有哺乳动物(包括人类)、鸟类、爬行动物和鱼类的先天免疫系统的一部分。它们的形状像变形虫，有颗粒状细胞质。它们在免疫功能中发挥多重作用。这种作用包括：(1)在正常状态下补充常驻巨噬细胞，和(2)响应于炎症信号，单核细胞可快速移动到在组织中的感染部位并分裂/分化成巨噬细胞和树突状细胞，以引发免疫应答。

人体血液中有至少两种类型的单核细胞，“典型的”单核细胞的特征是CD14细胞表面受体(CD14++CD16-单核细胞)的高水平表达。“非典型的”单核细胞显示了CD14的低水平表达和另外的CD16受体(CD14+CD16++单核细胞)共表达。

尽管个体中几乎所有的细胞都含有完全相同的DNA编码的互补物，但是高等生物必须在不同类型的组织中施加并保持不同的基因表达模式。大多数基因调控是瞬时的，这取决于细胞的当前状态和外部刺激的变化。另一方面，持续性调控是表观遗传学的主要作用—不改变DNA的基本遗传编码的可遗传的调控模式。DNA甲基化是表观遗传调控的典型形式；它作为细胞的稳定记忆，在维持各种细胞类型的长期身份中发挥着至关重要的作用。最近发现了其他形式的表观遗传调控。除了“第五个碱基”5-甲基胞嘧啶(mC)，可发现第六个(5-羟甲基胞嘧啶，hmC)、第七个(5-甲酰基胞嘧啶，fC)和第八个(5-羧基胞嘧啶，cC)碱基(Michael J.Booth et al.Quantitative Sequencing of 5-Methylcytosine and5-Hydroxymethylcytosine at Single-Base Resolution Science 18May 2012,Vol.336no.6083pp.934-937)。

所提到的DNA修饰的主要靶标是两个核苷酸的序列胞嘧啶鸟嘌呤(“CpG位点”)；在此情况下，胞嘧啶(C)可经简单的化学修饰以变成甲酰化的、甲基化的、羟甲基化的或羧化的。在人类基因组中，除了在被称为“CpG岛”的某些相对密集簇之外，CG序列比预期更罕见。CpG岛通常与基因启动子相关，估计超过一半的人类基因具有CpG岛(Antequera and Bird,Proc Natl Acad Sci USA 90:11995-9,1993)。