[发明专利]HPV检测方法

说明书

本发明涉及使用PCR相关方法进行人乳头瘤病毒(HPV)基因型的检测，特别是生殖器人乳头瘤病毒基因型的检测。

本发明涉及人乳头瘤病毒(HPV)基因型的检测，特别是生殖器人乳头瘤病毒基因型的检测。

人乳头瘤病毒及其意义

据世界卫生组织(WHO)称，在女性中宫颈癌是癌症死亡的第二大常见原因。全世界99％以上的宫颈癌中都存在HPV感染。据估计，全世界每年有超过500,000名女性发展宫颈癌，超过273,000例是致命的。即使采用巴氏筛查方案，也有相当数量的女性每年死于宫颈癌。

HPV感染是全球最常见的性传播疾病(STD)，高达60％的性活跃女性一生中会在生殖道内被HPV感染一次。不论HPV感染状况如何，不到1/10,000的女性会发展为浸润性宫颈癌。大部分HPV感染女性不发展细胞学异常或癌症的事实强调了在HPV感染女性中调节宫颈疾病至癌症的进展的因素的重要性。这些因素可能包括HPV基因型和分子变异、HPV病毒载量、HPV感染的持续存在、与其他STD媒介的共同感染、宿主的免疫状态及如吸烟等环境因素。

乳头瘤病毒是感染哺乳动物上皮细胞的小DNA病毒，其引起上皮增生性病变，其可以是良性的，例如纤维化乳头瘤(疣)，或者可以是恶性的。所有乳头瘤病毒的相似之处在于，共享基因组大小、组织、开放阅读框和蛋白质功能。许多但不是全部的基因组区域在各种乳头瘤病毒中是保守的。

由于乳头瘤病毒的生命周期和宿主细胞的分化状态之间的密切关联，乳头瘤病毒的生命周期的细节尚未完全阐明。已知乳头瘤病毒感染宿主上皮基底细胞，其中病毒基因组已经建立，并保持为与宿主细胞复制协同复制的低拷贝数附加体。当感染的细胞分化成角质形成细胞时，病毒DNA扩增，晚期基因被诱导，然后进行乳头瘤病毒的营养复制。

乳头瘤病毒感染各种各样的动物，包括人类。人乳头瘤病毒(HPV)(包括乳头瘤病毒科，α-、β-、γ-、δ-、多发性乳头瘤病毒和未分类乳头瘤病毒属)是性传播疾病的常见原因。几种类型的HPV已经通过DNA序列数据被鉴定出来，迄今为止已有96种HPV基因型被完全测序。HPV的基因分型是基于L1、E6和E7基因的DNA序列。与先前建立的菌株相比，序列中10％差异足以定义新型病毒。

人乳头瘤病毒组的异质性大概描述于deVilliers，1989，J.Virology 63：4898-4903，将其通过引用并入本文。许多HPV类型的基因组已被测序和/或表征。

根据可获得的分子、临床和流行病学数据，一部分HPV明确地是宫颈癌及其前体的病原体。在约90％的宫颈腺癌和鳞状细胞癌中检测到HPV。大部分HPV感染是自发清除的，但在来自宫颈肿瘤的转移中发现HPV DNA持续感染。然而，已知的高风险(或致癌性)HPV类型是宫颈癌的显著风险因素，并且其在其他癌症中的作用越来越被认可。几乎所有的宫颈癌(99％)都含有高风险型HPV的基因，最常见的类型是16、18、31和45。其他的高风险类型包括31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68和73。HPV31、33、35、51和52有时被认为是“中等风险”，因为它们在轻度或重度发育不良病变中比在癌中更常见。在高风险菌株中，HPV16和18与宫颈癌密切相关。在超过50％的鳞状细胞癌中发现了HPV16DNA，而在超过50％的腺癌中发现了HPV18DNA。然而，绝大部分肛门与生殖器HPV具有致癌潜力。

迄今为止，与HPV感染相关的临床疾病以及HPV检测和分型方法的潜在应用领域包括尖锐湿疣、硬化性苔藓、鳞状细胞增生、外阴上皮内瘤变、鳞状细胞癌、宫颈上皮内瘤变、宫颈癌、子宫颈腺癌、肛门上皮内瘤变、阴茎上皮内瘤变、喉腺癌、复发性呼吸道乳头瘤病和疣状表皮发育不良。最近的证据表明，HPV也可能在男性前列腺癌的发展中发挥作用。