[发明专利]一种评估疾病遗传风险的基因检测方法

说明书

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，尤其涉及一种评估疾病遗传风险的基因检测方 法，该方法用于评估个体将来患某种或某些疾病的概率。

背景技术

基因检测风险评估是指我们通过分子生物学手段破译人体携带的基因密码，从而 预测个体将来患某种或某些疾病的概率。简单的说所谓基因检测，就是取被检测者的一滴 血、口腔黏膜或其它组织细胞，经提取和扩增其基因信息后，通过特定设备对被检测者细胞 中的DNA分子等基因信息作检测，分析其所含有的各种疾病易感基因的情况，从而使人们能 及时了解自己的基因信息，预测身体患疾病的风险。

癌症及某些疾病的发生，是环境因素和遗传因素共同作用的结果，不同的疾病类 型受到不同程度遗传因素和环境因素的影响，例如肺癌的发生受到环境因素影响比较大， 吸烟的人容易得肺癌，然而不是所有吸烟的人都会得肺癌，而是特定基因发生变异的人群 容易患病。又如乳腺癌的发生，与遗传因素影响较大，BRCA1或BRCA2基因特定位点突变的人 容易发生乳腺癌。有些癌症的发生也与人群有关，如白种人比黄种人得黑色素瘤的风险要 高很多，文献报道，ALDH2突变者过度饮酒更容易患上食管癌。因此探究我们遗传基因的变 异程度，可以指导我们对疾病的早期预防，通过自主调整对环境因素的应对措施来极大程 度地避免这些遗传性疾病的发生。

发明内容

本发明的目的在于提供一种基于遗传物质的信息评估疾病遗传风险的基因检测 方法，采用基因测序的方法获得遗传物质的信息，并通过构建数学模型获得基因序列与疾 病遗传风险的关联关系，实现基于遗传物质信息对疾病遗传风险的评估。

我们根据肿瘤细胞的特征并结合大量文献，总结了57种肿瘤相关的易感基因见表 1。

表157个肿瘤相关基因

在上述57个基因中，针对每种不同的疾病有不同的基因类型在起作用。而对于每 个起作用的基因来说，其对疾病发生的影响是由其上面的关键位点的情况所决定。

根据人类基因组序列(HG19)设计多重PCR引物。通过分子生物学方法获得被测个 体的上述基因序列，检测序列中的每个突变位点。这些突变包括：编码区的同义突变、移码 突变、错译突变；非编码区的MNV(multiplenucleotidevariation，多核苷酸位点突变)、 INDEL(InsertandDelete，插入缺失)、SNV(singlenucleotidevariation，单核苷酸位 点突变)。

首先，根据下述公式估算影响蛋白质序列变化的突变在人群中出现的频率coef：

其中，maf(MinorAlleleFrequency)表示最小等位基因频率；phylop是序列保守 性预测值，用于评估所得可疑致病突变的保守性。(这两个参数均由ironreporter服务器 自动计算)

maf值为0到0.5，值越大，表明这种突变出现的就越多，在进化上讲就说明危害较 小；phylop的范围是[-14-14]，数值越小，表明该位点越保守，在进化上讲，这些位点的突变 危害越大；另外，一般来讲杂合子比纯合子有更多的杂交优势，所以对于杂合子这个系数再 乘以0.5。

根据上述频率coef，计算序列中发生突变的每个位点引起疾病的概率值harm。当 突变是同义突变时，harm＝coef×0；当突变是移码突变时，harm＝coef×0.5；当所述突变 是错译突变时，harm＝coef×0.3；当所述突变是发生在非编码区的MNV或INDEL时，harm＝ coef×0.1；当所述突变是发生在非编码区的SNV时，harm＝coef×0.05。

根据一个基因所有发生突变的位点的harm值算出该基因的健康概率值health：