[发明专利]基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列开发的EST-SSR引物组及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及SSR引物组领域，具体涉及一种基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序 列开发的EST-SSR引物组及其应用。

背景技术

牛鞭草是禾本科(Gramineae)牛鞭草属(HemarthriaR.Br.)植物的总称，别名牛 仔草、铁马鞭，广泛分布于我国长江以南各省(区)及河北、山东、陕西等地。东南亚、印尼、印 度及美国、巴西等暖温带和热带地区也有分布。它的种类较多，全世界有近20种，其中扁穗 牛鞭草(Hemarthriacompressa)和其近缘种高牛鞭草(Hemarthriaaltissima)是牛鞭草 属中尤为重要的2个多年生优良暖季型饲草物种，主要分别分布于我国与非洲地区。因具有 生长速度快，高产优质，营养丰富，适口性好，耐贫瘠土壤，高抗及较强的竞争性等优点，该 两个牛鞭草物种已在热带、亚热带地区得到广泛的研究与利用。牛鞭草即可放牧利用，又可 调制干草、青贮，以及保持水土、绿化环境，因此其在畜牧业发展、生态环境建设和草地农业 系统中占有着重要的地位。

尽管牛鞭草具有重要的生态和经济效益，但其种质资源研究工作仍较为薄弱，尤 其分子水平研究较少，主要集中于扁穗牛鞭草和高牛鞭草野生种质资源遗传多样性的研究 与DNA指纹图谱的构建。虽较多分子标记如AFLP、ISSR、SRAP、SSR、EST-SSR和SCoT等运用于 牛鞭草研究中，但它们大多采用运用于其他物种上的通用引物，而有关牛鞭草特异引物却 尚无报道。牛鞭草由于种子结实率低，缺乏有效的有性繁育系统，多表现为以茎节扦插为主 的无性繁殖，因而常规的育种技术无法加以利用，导致牛鞭草的育种进程停滞不前，现有的 品种均为野生驯化而来，分子辅助育种将成为牛鞭草育种的重要手段。但目前牛鞭草的研 究成果对于牛鞭草分子育种是远远不足的。因此，丰富牛鞭草基因组资源已成为当务之急。

简单重复序列(SSR，SimpleSequenceRepeat)又称为微卫星DNA，是分子标记辅 助育种首选标记之一。其以2-6个核苷酸为基本单位的串联重复序列组成的DNA片段，长度 大多为100-200个碱基对，具有分布广泛，多态性丰富，重复性好，共显性遗传，物种间转移 性好等特点，已被广泛应用于品种鉴定，种质资源保存和利用、遗传多样性分析、分子标记 辅助选育等研究领域。SSR虽是以测序技术为基础的分子标记，但随着目前二代测序的越来 越普遍以及三代测序的新起，其开发费用的逐渐降低，加速了它在物种上的开发利用。其中 EST-SSR是基于EST序列或cDNA数据开发的一种SSR分子标记。而转录组数据正是开发EST- SSR标记的理想资源，并基于转录组的EST-SSR标记除具有一般分子标记的特点外，还有其 特殊优势。第一，信息量大。如果发现一个基因标记与某一性状连锁，那么该转录本就可能 与控制此性状的基因相关。第二，通用性好。由于转录本保守性较高，故具有较好的通用性， 在亲缘物种之间校正连锁图谱和比较作图方面有很高的利用价值。迄今，未见转录组测序 技术运用于牛鞭草植物中，也没有牛鞭草某物种关于EST-SSR分子标记开发应用的报道。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是提供一种基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列 开发的EST-SSR引物组。

本发明解决其技术问题所采用的技术方案为：该基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录 组序列开发的EST-SSR引物组，所述引物组包括52对引物，其核苷酸序列如序列表SEQUENCE IDNO.1～104所示。

本发明还提供了上述基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列开发的EST-SSR引物 组在牛鞭草分子遗传多样性分析中以及在牛鞭草种质遗传系谱分析中的应用。

本发明还提供了上述基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列开发的EST-SSR引物 组在禾本科其它牧草物种上进行遗传多样性分析的应用。

本发明还提供了一种上述基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列开发的EST-SSR 引物组进行牛鞭草遗传多样性分析、牛鞭草种质遗传系谱分析的方法，包括如下步骤：

A、提取待测牛鞭草样品基因组DNA；