[发明专利]基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列开发的EST-SSR引物组及其应用

权利要求书

1.基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列开发的EST-SSR引物组，其特征在于：所述引 物组包括52对引物，其核苷酸序列如序列表SEQUENCEIDNO.1～104所示。

2.根据权利要求1所述的基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列开发的EST-SSR引物 组在牛鞭草遗传多样性分析中以及在牛鞭草种质遗传系谱分析中的应用。

3.根据权利要求1所述的基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列开发的EST-SSR引物 组在禾本科其它牧草物种上进行遗传多样性分析的应用。

4.利用权利要求1所述基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列开发的EST-SSR引物组 进行牛鞭草遗传多样性分析、牛鞭草种质遗传系谱分析的方法，包括如下步骤：

A、提取待测牛鞭草样品基因组DNA；

B、以步骤A提取的待测样品DNA为模板，利用序列表SEQUENCEIDNO.1～104所示引物 进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

C、将步骤B得到的PCR扩增产物采用凝胶电泳检测，统计检测结果；

D、利用步骤C的统计结果进行牛鞭草遗传多样性分析、牛鞭草种质遗传系谱分析。

5.根据权利要求4所述基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列开发的EST-SSR引物组 进行牛鞭草遗传多样性分析、牛鞭草种质遗传系谱分析的方法，其特征在于：在步骤B中，所 述PCR扩增反应优化体系总体积为15μL，其中包括1.5μL浓度为20ng/μL的模板DNA，7.5μL的 2XReactionMix，0.3μL的GoldenDNAPolymerase，0.6μL浓度为10pmol/μL的正向引物， 0.6μL浓度为10pmol/μL的反向引物，余量为ddH₂O。

6.根据权利要求5所述基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列开发的EST-SSR引物组 进行牛鞭草遗传多样性分析、牛鞭草种质遗传系谱分析的方法，其特征在于：在步骤B中，所 述PCR扩增程序为：94℃预变性5min；然后94℃变性30s，52-56℃退火45s，72℃延伸1min，共 35个循环；最后72℃延伸10min，于4℃保存。

7.根据权利要求4所述基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列开发的EST-SSR引物组 进行牛鞭草遗传多样性分析、牛鞭草种质遗传系谱分析的方法，其特征在于：所述牛鞭草遗 传多样性分析、牛鞭草种质遗传系谱分析的统计方法为：利用NTSYS-PC2.l0软件计算遗传 相似系数，并进一步基于UPGMA法进行聚类分析，采用POPGENv1.32软件计算Shannon信息 多样性指数(I)、Nei’s遗传多样性指数(He)和遗传相似系数。

8.利用权利要求1所述基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列开发的EST-SSR引物组 在禾本科其它牧草物种上进行遗传多样性分析的方法，包括如下步骤：

a、提取待测禾本科物种样品基因组DNA；

b、以步骤a提取的待测样品DNA为模板，利用序列表SEQUENCEIDNO.1～104所示引物 进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

c、将步骤b得到的PCR扩增产物采用凝胶电泳检测，统计检测结果；

d、利用步骤c的统计结果在禾本科其它牧草物种上进行转移性分析。

9.根据权利要求8所述基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列开发的EST-SSR引物组 在禾本科其它牧草物种上进行遗传多样性分析的方法，其特征在于：在步骤b中，所述PCR扩 增反应优化体系总体积为15μL，其中包括1.5μL浓度为20ng/μL的模板DNA，7.5μL的2X ReactionMix，0.3μL的GoldenDNAPolymerase，0.6μL浓度为10pmol/μL的正向引物，0.6μ L浓度为10pmol/μL的反向引物，余量为ddH₂O。

10.根据权利要求9所述基于扁穗牛鞭草与高牛鞭草转录组序列开发的EST-SSR引物组 在在禾本科其它牧草物种上进行遗传多样性分析的方法，其特征在于：在步骤b中，所述PCR 扩增程序为：94℃预变性5min；然后94℃变性30s，52-56℃退火45s，72℃延伸1min，共35个 循环；最后72℃延伸10min，于4℃保存。