[发明专利]用于检测甘草属植物的SSR分子标记引物

说明书

本发明公开了一种用于检测甘草属植物的SSR分子标记引物，核苷酸序列如SEQ.ID NO.1和SEQ.ID NO.2所示。本发明的SSR分子标记引物在甘草和刺果甘草物种中扩增出明显不同的条带大小，可用于区别甘草和刺果甘草物种。使用本发明引物对甘草不同物种居群进行聚类，同样得到明显的区分。本发明的SSR分子标记可以直接应用于更多甘草属植物的种质资源遗传多样性、物种分子鉴定、遗传图谱构建和分子标记辅助育种研究。

技术领域

本发明属于分子生物学分子标记技术领域，涉及一种SSR分子标记引物，特别是涉及一种用于检测甘草属植物的SSR分子标记引物。

背景技术

甘草(Glycyrrhizae Radix et rhizome)为豆科(Leguminosae)甘草属(Glycyrrhiza)多年生草本植物，是一种临床上应用非常广泛的重要中药材，以《中华人民共和国药典》中收录的甘草(Glycyrrhiza uralensis Fisch.)、胀果甘草(Glycyrrhiza inflata Bat.)和光果甘草(Glycyrrhiza glabra L.)为药用甘草正品。但市场上胀果甘草和光果甘草较少，商品流通中主要以甘草为主。

刺果甘草(Glycyrrhiza pallidiflora Maxim.)有效成分含量较低，未被收录在药典中。但有些地方以刺果甘草做为药用混入品，无疑影响了医疗过程中甘草的整体疗效。目前依靠传统方法很难将甘草和刺果甘草药材鉴定区分开。

在不同产地或同一产地都存在着形态特征不同的甘草类型，且种间、种内遗传变异多样，这对于种间亲缘关系和分类鉴定及有效成分的有效利用带来了很大的困难。因此，利用目前先进的仪器进行大量且有效的SSR开发，筛选药用甘草属植物特有的分子标记，用于不同物种间的鉴定具有重要意义。

目前利用分子标记对甘草属植物进行物种鉴定、遗传多样性分析等主要采用ISSR、RAPD、AFLP等标记，但ISSR和RAPD是简单的随机性分子标记，存在重复性和可靠性方面的缺陷，不能全面准确反映甘草属植物的遗传多样性；而AFLP分子标记多态性水平高，信息量大，但实验步骤繁琐，技术难度较高，并且对DNA质量要求较高。

SSR分子标记，也称微卫星DNA，其重复性与多态性较好，在基因组中丰度较高，实验操作简便省时，被称为第二代群体遗传学研究标记。因此，与上述分子标记相比，SSR作为共显性遗传标记，其多态性高、重复性好、信息量高、具有多等位基因的特性，且SSR分析对DNA含量及纯度要求不高，成为植物遗传多样性研究、品种鉴定、连锁图谱构建和系统发育研究中一种有效的分子标记。

SSR引物具有物种特异性，只能在同种或同属物种中通用。因此，针对某一物种的SSR分析，首先是开发特有的SSR分子标记引物，或者从别的物种上筛选引物。SSR引物的获得方法主要有四种：1、从已发表的文章中获得。这种方法最简单快捷，但由于SSR属内具有较强的物种特异性，SSR引物只能对该物种或近缘物种使用，对其他物种则具有盲目性。2、选用近缘物种SSR引物。但是从近缘物种获得SSR引物的效率较低。3、数据库搜寻法。刘越等利用NCBI公布的甘草属植物表达序列标签(EST)50666条，对乌拉尔甘草EST资源的SSR信息进行了分析，得出乌拉尔甘草EST-SSR的出现频率高，重复类型丰富，理论上表明这些EST-SSR具有较高的可用性，但实际实验没有应用研究。李晓岚等通过乌拉尔甘草表达序列标签(EST)数据库查找甘草属SSR位点，仅得到15对EST-SSR引物在甘草属内具有很好的适用性，这对于甘草分子遗传或物种有效鉴定是远远不够的。4、根据所研究物种的基因组序列，构建SSR文库，从中筛选出一套特异的SSR引物。目前主要是利用高通量测序进行引物开发，该技术能够以极低的单碱基测序成本，产出超高的数据量，并且可有效应用于非模式植物物种中新分子标记的开发。

发明内容