[发明专利]IL28B基因位点多态性检测引物组合物和试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域，具体涉及IL28B基因位点多态性检测引物组合物和试剂盒。

背景技术

丙型肝炎是严重威胁人类生命的传染病之一，目前我国约有3700万~4000万感染者。每年的新发病例约300万~400万，其主要通过血源性途径进行传播，包括输血、性接触传播、纹身和吸毒等。

根据丙型肝炎病毒（HCV）基因序列的差异，可将HCV分为6个基因型（1-6），每个基因型又可分为不同亚型。HCV基因型分布具有明显的地域性，其中1型呈全球性分布，占所有HCV感染者的70%以上。1b和2a基因型在我国较为常见，其中以1b型为主。

目前HCV标准治疗方法是聚乙二醇干扰素联合利巴韦林治疗48周，但是对于1型丙型肝炎的病人来说，只有42%~52%的病人可获得持续的病毒学应答，同时由于干扰素的不良作用，导致10%~14%的病人被迫提前停药或减量。研究发现编码γ3干扰素（IFNγ3）的IL28B基因附近有一些单核苷酸多态位点与HCV病毒自发清除能力及对干扰素的应答有关。当这些等位基因发生突变后，患者的HCV自发清除和对干扰素应答能力发生明显变化。其中IL28B的860C>T SNP点基因型为C/C的患者的持续病毒学应答百分比明显高于T/T基因型患者；此外，IL28B的917T>G SNP点基因型为T/T的患者较T/G和G/G基因型患者的持续病毒学应答率更高。

因此，IL28B基因上的SNP位点860C>T和917T>G的基因多态性对HCV感染者标准化治疗影响重大，通过对IL28B基因上860C>T和917T>G两个SNP点基因型的检测来辅助临床诊断，为临床医生选择药物提供参考。

目前，检测基因位点多态性的技术手段有很多，但是大多数均停留在实验室水平，还不能真正应用于医疗机构的日常检测中，以下介绍目前存在的检测技术：

2.1 单链构象多态性技术(PCR-SSCP)

利用点突变或SNP可以对短的DNA单链构象造成影响，从而导致电泳速度的不同来进行检测。特点是可以进行特定区域突变的筛查，但需要跑PAGE胶，较为繁琐，并有一定的漏检率。

2.2 高分辨率融解曲线分析(HRM)

这是近两年发展起来的新技术，原理简便，不需要对反应条件和体系进行特别的优化，容易实现，可进行突变的筛查，但需要特定仪器和试剂的支持。并且只能对片段内突变点进行检测，不能确定检测突变点的具体位置，容易造成假阳性结果。

2.3 Taqman探针法(定量PCR)

适合已知SNP位点、位点数量少、通量高的检测。但是探针合成费用价格昂贵，不能同时发现未知SNP位点，并且容易造成假阳性结果。

2.4 变性高效液相色谱(DHPLC)

对于特定位点的突变检测，需要摸索各种条件，稳定性较差，影响因素太多，所以不容易做好。

2.5 限制性内切酶酶切法

根据突变或SNP位点选择合适的内切酶对PCR产物进行酶切，然后电泳鉴定。该方法稳定可靠，但要注意酶切效率完全，而且不是所有的突变或SNP位点都有酶可以选择，容易造成污染。

2.6 芯片技术

与传统的仪器检测方法相比具有高通量、微型化、自动化、防污染等特点，仅适用于全基因组SNP扫描，不适宜单个基因的SNP位点检测，精度低，价格昂贵。

目前国内珠海赛乐奇生物技术有限公司的IL28B基因多态性检测试剂盒采用的是基因芯片方法已获得认证。

2.7 位点特异性PCR引物(ARMS)

利用PCR引物的3’端末位碱基必须与其模板DNA互补才能有效扩增的原理，设计等位基因特异性 PCR扩增引物，在严格的条件下，只有在引物3’碱基与模板配对时才能出现PCR扩增带，从而检测出突变。利用Taqman探针在实时荧光定量PCR平台上实现对样品DNA中突变的检测，具有极高的特异性和敏感度。

2.8 直接测序法

SNP分析的金标准，由于基因序列分析法检测的是易突变区的完整序列，因此可以检测未知突变位点。但测序实验操作较为复杂、实验周期较长、电泳容易造成实验室污染。

发明内容

为了解决现有技术中的上述不足，本发明提供了一组IL28B基因位点多态性检测引物组合物。

该IL28B基因位点多态性检测引物组合物，包括IL28B860位点检测引物和/或IL28B917位点检测引物，其中，

IL28B860位点检测引物由以下序列组成：