[发明专利]鉴定基因组中的变异的定相和连接方法

说明书

长片段读出技术可以用于鉴定缺失并解析碱基识别，其通过利用读出与任意对应于单体型的杂合基因座(het)的读出的共享标签(例如，共享的等分试样)进行。例如，将基因座连接到多个het的单体型可以增加在所述基因座处的可用读出，用于确定特定单体型的碱基识别。对于半合子缺失，可以将某个区域连接到一个或多个het，并且特定单体型的标签可以用于鉴定区域中的哪些读出对应哪个单体型。以这种方式，由于可以鉴定特定单体型的读出，可以确定半合子缺失。此外，可以使用脉冲的定相率鉴定大缺失。可以在定相率足够低的情况下鉴定缺失，并可以使用其它标准。

对相关申请的交叉引用

本申请要求2013年10月1日提交的美国临时申请号61/885,470，标题为“PHASINGAND LINKING PROCESSES TO IDENTIFY VARIATIONS IN A GENOME”的优先权，并是该申请的非临时申请，通过提述将其整体内容并入本文用于所有目的。

本申请涉及共同拥有的美国专利申请号13/448,279，标题为“Sequencing SmallAmounts Of Complex Nucleic Acids”(代理人案号92171-5039US)，提交于2012年4月16日；美国专利申请号13/447,087，标题为“Processing And Analysis Of Complex NucleicAcid Sequence Data”(代理人案号92171-5041US)，提交于2012年4月13日；美国专利申请号13/649,966，标题为“Identification Of DNA Fragments And StructuralVariations”(代理人案号92171-002510US)，提交于2012年10月11日；美国专利申请号13/591,723，标题为“Phasing Of Heterozygous Loci To Determine Genomic Haplotypes”(代理人案号92171-002410US)，提交于2012年8月22日；和美国专利申请号13/591,741，标题为“Analyzing Genome Sequencing Information To Determine Likelihood Of Co-Segregating Alleles On Haplotypes”(代理人案号92171-002420US)，提交于2012年8月22日，其公开通过提述以其整体并入本文。

发明背景

自从1978年的第一例出生以来，世界范围内已经有超过5百万的婴儿通过体外受精(IVF)出生。难以确定精确的数字，但是经估算目前每年有350,000个婴儿通过IVF出生。预期该数字上升，因为较大的母亲年龄与降低的受精率相关，且在发达国家，女性继续推迟分娩到更晚的年纪。在95％的IVF方案中，没有进行胚胎的诊断测试(http://www.sart.org/find_frm.html)。先前怀孕困难的夫妻或那些希望避免高渗透度遗传性疾病的传播的夫妻通常选择进行植入前遗传诊断(PGD)。PGD涉及对来自3天胚胎的1个细胞或5-6天的胚泡期的高达10个细胞的活组织检查及随后的遗传分析。目前，这是用于易位(translocation)和正确的染色体拷贝数的任一测定法，即对于每种特定的遗传疾病设计并验证的独特测试，或两者的组合。重要的是，这些方法没有一个能够检测尚未与具体疾病相关的从头(de novo)突变或变异。

目前，可用于体外受精胚胎的植入前遗传诊断(PGD)的唯一方法是那些检测大的基因组变化或单基因病症的方法。这些方法对于大量潜在的基因组缺陷可以是察觉不到的。

尽管文献中关于IVF在分娩缺陷中的角色存在一些争议，两项近期研究声称在通过IVF出生的儿童中看到了升高的发病率，其可能是由这些不育父母中过多的遗传缺陷所致。另外，后期的母亲年龄已经与非整倍体胚胎的增加相关，而后期的父亲年龄已经与胚胎的从头突变相关。许多近期的大规模测序研究已经发现，分散于许多不同基因的从头变异可能是很大一部分自闭症病例，以及许多其它罕见的先天性病症的原因。这些研究提示我们可以做得更多以试着改善IVF新生儿的健康。