[发明专利]一种与猪眼肌面积性状有关的猪UNC13B基因SNP标志物

说明书

本发明涉及一种与猪眼肌面积性状有关的猪UNC13B基因SNP标志物，该标志物为UNC13B(Sscrofa 10.2)基因chr1:263861722位点T‑C的突变。本发明还提供了用于检测所述SNP标志物的特异性引物。利用本发明所提供的方法可以通过对猪UNC13B基因单碱基多态的判断获得猪眼肌面积性状，从而为猪的育种工作提供指导，选育具有最大猪眼肌面积的TT型猪进行育种和培养。

技术领域

本发明涉及分子遗传学中的遗传标记检测领域，具体涉及一种与猪眼肌面积性状有关的猪UNC13B基因SNP标志物。

背景技术

我国是一个养猪大国，猪肉产量和质量的市场需求日益增加，提高猪肉产量、改善猪肉胴体质量，成为育种科学家长期以来不断探索的工作。早期的育种工作主要集中于猪的表型选择，随着基因组工作的不断推进和遗传标记的广泛开发，分子选择正逐步成为可靠而有效的选择方法，结合表型与遗传标记的群体全基因组关联分析被广泛应用。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是指群体中正常个体的基因组DNA内特定核苷酸位置上存在两种或两种以上不同的碱基(等位基因)，其中最少一种在群体中的频率不少于1％。SNP作为第3代遗传标记，具有量大、高频率、低突变率等优点，广泛应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究、畜牧育种遗传标记及全球种族遗传学研究等。

目前，对猪SNP遗传标记的开发和研究已取得一定的成果，如ESR和FSH基因的多态性影响繁殖性状，IGF1基因SNP影响生长性状，MSTN和FST基因跟猪胴体性状相关，Ha1基因影响猪肉质性状等。随着基因组技术的开展，已经找到的猪单碱基突变达两千八百多万，然而如何有效的利用现有的数据和愈来愈低的测序成本挖掘出的新数据，开展猪的育种工作，改善猪的胴体质量，将成为育种工作者长期而艰巨的任务。

猪眼肌面积指猪最长肌的横断面面积，眼肌面积＝眼肌高(cm)×眼肌宽(cm)×0.7。猪个体的瘦肉率越高眼肌面积越大，由于眼肌面积性状与家猪产肉性能有强相关性，所以在育种上显得尤为重要。UNC13B基因在肾皮质上皮细胞中表达，在高血糖症细胞中表达上调，关于该基因的GO注释有甘油二酯结合活力和信号传导活力，但目前还没有就该基因的单核苷酸多态性与眼肌面积的相关性的报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种利用UNC13B基因单碱基多态判断猪眼肌面积(LM)性状的方法。

为达到以上目的，本发明的发明人研究了温氏大崀原种场杜洛克F2代资源群体，记录了F0、F1和F2代个体的眼肌面积等性状，前期工作随机挑选5头杜洛克公猪和5头杜洛克母猪对UNC13B(Sscrofa 10.2)基因设计引物进行长片段PCR扩增，PCR产物胶回收后进行ion torrent平台测序和samtools筛选SNPs，结果在基因组位置为1号染色体正链263861722的位点找到一个T-C的突变，对应UNC13B基因CDS区发生AAT(天冬酰胺)-AAC(天冬酰胺)的同义突变，以该SNP位点上下游序列为模板设计基因分型引物(ASP1和ASP2)，利用GT48.48芯片(Fludigm)，在200个大崀原种场杜洛克F2代资源群体进行Fludigm基因分型，考虑性别以广义线性模型进行基因型与眼肌面积性状关联分析，各基因型的最小二乘均值：TT型纯合子的眼肌面积为46.99±1.90，TC型杂合子的眼肌面积为38.59±0.56，CC型纯合子的眼肌面积为39.30±0.53，结果显示TT型纯合子的猪眼肌面积性状显著高于杂合子和CC型纯合子的猪(P＝0.0597)。

由此，得到一种与猪眼肌面积性状有关的猪UNC13B基因SNP标志物，该标志物为UNC13B(Sscrofa 10.2)基因chr1:263861722位点T-C的突变

本发明还提供了一种用于检测所述的SNP标志物的特异性引物，所述引物为：