[发明专利]检测印度紫檀的专用探针、引物、基因芯片和方法

说明书

技术领域

本发明属于生物技术领域，特别涉及检测印度紫檀的专用探针、引物、基因芯片和方法。

背景技术

红木是一类外表呈红色的优质硬木的统称，多产于热带亚热带地区，历来就受到世界各地人民的青睐。尤其是在中国的明清两代，经传统工艺制成的红木家具更是创造了中国古典家具的典范。根据我国的国家标准GB18107-2000《红木》，“红木”范围确定为5属8类、33个主要品种。目前，传统的鉴定方法依据心材颜色、气味、管孔弦向直径、气干密度、射线等指标将红木分为八类，鉴定结果只分辨到“类”，很难再深入到“种”的层面进行鉴定。

基因芯片是DNA识别技术的一种体现，利用芯片高通量的优势，可以在一张芯片上同时对多种红木的多个DNA条形码进行检测，不仅极大地提高了鉴定的准确性，而且还可以区分红木种与种之间的微小DNA差异，即基因芯片可以在“种”的水平上对不同红木进行准确鉴定。

发明内容

本发明要解决的技术问题是，针对目前在“种”的水平上对不同红木进行准确鉴定的缺陷，提供一种检测印度紫檀的专用探针、引物、基因芯片和方法，该方法能够在“种”的水平上对印度紫檀的红木进行准确鉴定。

本发明解决上述技术问题的技术方案如下：

本发明的技术方案之一为：检测印度紫檀（Pterocarpus indicus Wiild.）的专用探针，其是核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.8所示的DNA片段，或者是核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.8所示序列的反向互补序列的DNA片段。

上述探针检测印度紫檀的靶序列是核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.5所示的DNA片段，或者是核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.5所示序列的反向互补序列的DNA片段。

本发明的技术方案之二为：检测印度紫檀的基因芯片，其含有所述的专用探针。本发明所述的基因芯片如本领域常规，而其上的检测探针则是如上所述的专用探针。

本发明的技术方案之三为：检测印度紫檀的装置，其包括所述的专用探针或者所述的DNA芯片。本发明所述的装置如本领域常规，其中，优选的，所述的装置还包括引物对，所述的引物对中，一条引物的核苷酸序列如序列表中的SEQ ID NO.6，另一条引物的核苷酸序列如序列表中的SEQ ID NO.7所示。其中，优选的，所述的引物上含有荧光标记。

本发明的技术方案之四为：检测印度紫檀的引物，其是核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.6或SEQ ID NO.7所示的DNA片段。其中，优选的，所述的引物上含有荧光标记。

本发明的技术方案之五为：一种检测印度紫檀的方法，包括以下步骤：

（1）制备待测样本的总DNA，作为模板，用含检测标记的引物对进行PCR扩增，获得PCR产物，所述的引物对中，一条引物的核苷酸序列如序列表中的SEQ ID NO.6，另一条引物的核苷酸序列如序列表中的SEQ ID NO.7所示；

（2）将专用探针结合于基因芯片的片基上，洗去未结合的探针，获得检测印度紫檀的基因芯片，所述的专用探针是核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.8所示的DNA片段，或者是核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.8所示序列的反向互补序列的DNA片段；

（3）在步骤（2）所得的检测印度紫檀的基因芯片中加入步骤（1）所得的PCR产物，进行杂交，洗去未杂交的PCR产物；

（4）检测步骤（3）所得的杂交后的基因芯片。

其中，步骤（1）所述的制备待测样本的总DNA的方法是常规的。所述PCR的扩增方法也是常规的，较佳的PCR扩增程序如下：95℃预热5min；35个循环：95℃30s，55℃30s，72℃30s；最后72℃延伸5min。

其中，步骤（2）所述的将专用探针结合于基因芯片的片基上的方法是常规的。基因芯片的片基是常规的，优选的，所述的片基是醛基片基，所述的探针是氨基化探针。优选的，在步骤（2）所述的基因芯片的另外的加样孔中加入花梨木管家基因检测探针，所述的花梨木管家基因检测探针是常规的，优选的是序列如序列表中SEQ ID NO.16所示序列的核苷酸片段。优选的，在步骤（2）所述的基因芯片的另外的加样孔中还可以加入其它试剂，如作为各种对照的试剂、检测其他种花梨木的检测探针等。

其中，步骤（3）所述的杂交是常规的。