[发明专利]基于梨基因组开发的IRAP标记及其应用

说明书

一、技术领域

本发明涉及基于梨基因组开发的IRAP标记及其应用，属于分子生物技术领域，提供了8个基于梨基因组序列注释获得的LTR_RT家族开发的IRAP标记引物序列，有效鉴别了梨的品种资源多样性及芽变品种，可应用于梨种质资源评价和育种亲本的选择。

二、背景技术

梨(PyrusL.)是世界上广泛栽培的果树，在果树经济产业中占有重要地位，是我国第三大果树树种。梨按起源可划分为东方梨和西方梨，其主要栽培品种又可以划分为白梨（P.bretschneideri Rehd.）、砂梨（P.pyrifoliaNakai）、秋子梨（P.ussuriensis Maxin.）、西洋梨（P.communis L.）、新疆梨（P.sinkiangensisYü）及其他种间杂交类型。目前，梨的新品种资源繁多，同时，随着新品种的不断增多，如何快速准确鉴别不同的品种资源是梨的资源与育种研究的重要内容之一。在梨的新品种选育方法除了传统杂交育种外，其较高的芽变频率使得芽变选种在梨育种中占有越来越重要的地位，然而目前可用于梨无性系芽变品种鉴定及其与亲本之间亲缘关系遗传多样性评价的分子标记研究相对较少，因此开发高效的分子标记对芽变品种和丰富的品种资源遗传多样性进行评价，将对梨的育种工作起到重要的推动作用。

基于DNA多态性的分子标记是以个体间核苷酸序列变异为基础的遗传变异，其检测技术具有较多优势，如：没有组织特异性，不受环境季节限制，测试周期短，标记位点丰富等，已经大量应用于农作物新品种的鉴定，品种真实性的检测及品种间亲缘关系分析工作中。近年来，越来越多的科技工作者发现反转录转座子插入到功能基因位点附近可以导致其功能改变（增强或抑制），是体细胞变异的重要诱因之一。反转录转座子是以RAN为中介，反转录成DNA后进行转座复制的遗传因子，可以在基因组中产生大量的稳定遗传变异的位点。其中LTR_RT是占据植物基因组比例最大的一类反转录转座子，如：桃基因组的19%，棉花基因组的53%，甚至玉米基因组中多达70%都由LTR_RT 构成，而梨基因组中LTR_RT比例也高达43%。因此，利用LTR_RT开发分子标记相比其他常规的遗传学和分子生物学方法可以检测到更多稳定的遗传变异位点。而IRAP标记原理是根据反转录转座子的长末端重复序列（LTR）中的保守序列设计引物，检测基因组中相邻同家族反转录转座子成员之间的片段多态性，具有操作简单，多态性高，可重复性好，且开发引物费用相对较低等优点，可以用于无性系芽变品种鉴定及品种资源的多样性评价。目前，尚未有梨的IRAP标记开发和应用研究。因此，开发梨的基因组IRAP标记进行梨的品种资源多样性评价和芽变品种鉴定显得尤为重要，在品种资源评价与育种领域中有广泛的应用前景。 

三、发明内容

技术要求

本发明目的之一在于提供8个基于梨全基因组序列注释的LTR_RT家族开发的IRAP标记引物，这些引物具有多态性丰富，电泳条带清晰，重复性好且扩增稳定等优点，可用于梨无性系芽变品种鉴定及品种资源的遗传多样性评价研究。

技术方案

1、基于梨基因组开发的IRAP标记引物，是指以下8条引物中的一条或任意两条或任意多条引物：

PbrRE1-2  5’-TCAAACCAAACAATGTGGTCA-3’；

PbrRE1-4  5’-TGATTGGAAGAATGCGATCTAA-3’； 

PbrRE2-2  5’-ACCGTGATGGAATGGTAAGC-3’； 

PbrRE4-1  5’-GATAATTGATCCGGCCCATA-3’； 

PbrRE5-1  5’-AAATACCCAAGTCCCCAAGC-3’； 

PbrRE6-1  5’-AAGGAATATGGTTGGAGTCCTTC-3’； 

PbrRE7-1  5’- TGTTGGAGAGTTGACCTTTTG-3’； 

PbrRE8-1  5’- GCATGGGCAAAGTTTTCAAT-3’。

所述基于梨基因组开发的IRAP标记引物的应用，其特征在于： 

1）以提取的待测2份以上梨品种样品DNA为模板，用所述8条引物中的一条或任意两条或任意多条引物进行PCR扩增，上下游引物为同一条引物；