[发明专利]多重Y‑STR分析

说明书

本申请根据35 U.S.C.§119(e)要求以下申请的优先权：2012年9月6日提交的名称为“多重Y-STR分析(Multiplex Y-STR Analysis)”的美国临时申请第61/697,742号、2012年10月31日提交的名称为“多重Y-STR分析”的美国临时申请第61/720,949号、2013年2月5日提交的名称为“多重Y-STR分析”的美国临时申请第61/761,152号、以及2013年2月15日提交的名称为“多重Y-STR分析”的美国临时申请第61/765,323号，所述公开内容中的每一个以全文引用的方式并入本文中。

本文中所用的章节标题仅用于组织目的并且不应理解为以任何方式限制本文中所述的主题。

技术领域

一般来说，本发明涉及使用多重分析方法测定人类Y染色体上的短串联重复序列(STR)等位基因的身份。包括数量增加的可以提供增加的辨别和灵敏度的基因座的多重分析可以对更宽范围的个体准确地进行基因分型。

背景技术

法医学、亲子鉴定、细胞系ID以及个体化用药领域常规地使用基于DNA的技术进行身份测定、基因分型、表现型预测以及预测和/或预防疾病。DNA分型涉及分析基因组DNA的选择区域，通常被称为“标志物”。现今所使用的大多数分型方法专门被设计成用于检测并分析已知在人群中以至少两种不同形式出现的DNA标志物的一或多个区域的长度和/或序列方面的差异。所述长度和/或序列变异被称为“多态性”。DNA中存在这种变异的任何区域(即，“基因座”)都被称作“多态基因座”。

近年来，多态短串联重复序列(STR)作为遗传标志物的发现和发展在DNA分型中起到了重要作用。STR已经变成了人类身份和法医DNA测试的主要手段。

具体来说，Y-STR分析在许多应用中是一种有价值的工具。法医学应用包括在性侵案的调查中的用途，其中男性DNA可以存在于还含有过量女性DNA的样品中。Y-STR分析在把个体排除在进一步调查之外的过程中可能是至关重要的。在另一种法医学应用中，样品可以包括来自多个男性贡献者的DNA。Y-STR分析可以用于在法医学分析或其它遗传分析中跟踪男性之间的家庭关系，并且可以用于失踪人员调查中。另外，Y-STR分析可以用于亲子鉴定中，包括假设父亲不可用于直接比较的情况。

用于帮助研究者的一个数据库是美国Y-STR数据库，这是11到23个基因座Y-STR单体型的可搜索清单，并且可见于：(http://www.usystrdatabase.org/newdefault.aspx)。所述数据库由国家司法研究所(National Institute of Justice)资助并且由国家法医科学中心(National Center for Forensic Science；NCFS)以及中佛罗里达大学(University of Central Florida)管理。美国Y-STR数据库只是人口数据库并且出于法医案件工作的目的，打算用于评估Y-STR单体型人口频率。

当前可获得的Y-STR分析试剂盒存在若干局限性。虽然使用单体型数据库来确定特定群体中的单体型频率，但是试剂盒的单体型分辨率(HR)可以在群体中变化(韦尔默朗(Vermeulen)等人,(2009)FSIG 3:205-213)。其次，使用当前试剂盒，不可以排除怀疑个体的男性亲属。根据当前分析，相隔多达20代的亲属的Y-STR概况可能彼此不可区别(巴兰坦(Ballantyne)等人(2010):美国人类遗传学杂志(Am J Hum Genet)87:341-353)。第三，随着更多男性概况添加到Y-STR频率数据库，偶然匹配增加。因此，在本领域中存在改善Y-STR多重分析系统、分析、试剂盒以及方法的需要。

发明内容