[发明专利]用于临床决策支持的途径可视化

说明书

技术领域

本发明申请具体应用于临床决策支持系统。然而，应当意识到，描述的技术也可以适用于其他诊断系统、其他医学方案或其他临床技术。

背景技术

肿瘤学中的诊断和治疗决策很大程度上基于基础生物学。理解疾病的机理在癌症研究中起重要作用，但是也可以帮助临床医师做出决策并且跟踪疾病的发展。

当前，下一代测序正接近于用来提供以前不能被临床医师访问以用于对特定疾病的诊断和预后的信息的革命。这种信息的深度和解析度两者创建了大量的数据。以前经研究的分子特征典型地并不明确地捕捉基础细胞机理(途径)，并且因此它们解释真正根本原因的能力和创建对如何处置患者的理解的能力被限制在可用治疗选择的领域内。生物学途径是呈现这种信息的直观方式。已有的方法集中在计算如何在特定的临床问题的背景中对途径和它们的反常进行评级。

在当前实践中，基于临床病理学数据，响应于治疗或选择治疗来将诊断出具有癌症的患者分成(例如根据癌症发展或复发的时间)确定预后的组，等等，但是分组的基础典型地被呈现为标记或临床数据的表格或列表。再者，通过对特征的集合的统计选择基于高通量分子数据来对患者分级导致只有单个评分或基因水平的列表，其中，所述特征联合地在患者的临床相关的等级之间做出区分。另外，这些方法并不明确地捕捉基因调节的元素如何可以超越临床准则中已经提出的相当简单的基于规则的联系来影响医生尝试评估的基础状况。然而，对于清楚地不落在临床准则的这些边界内的患者，存在可以从由下一代测序生成的大量数据中得出的很少的信息。

本申请涉及新的并且经改进的系统和方法，所述系统和方法帮助视觉表示基因活性水平、途径和交互作用，以便于向临床医生提供治疗推荐，这克服了以上提及的难题和其他。

发明内容

根据一方面，一种使用定义与基因表达、基因活性水平和信息流相关联的视觉元素的视觉语法来帮助将基因活性途径可视化以用于临床决策支持的系统包括：存储多个验证途径的验证途径数据库和被配置为执行存储在存储器中的计算机可执行指令的处理器，其中，所述多个验证途径中的每个描述多个基因之间的至少一个交互作用。所述指令包括：视觉表示跨多个群体的至少一个基因的基因活性水平；从所述验证途径数据库检索途径，其中，所述途径包括所述至少一个基因；并且视觉表示所述途径中的所有基因的基因活性水平。所述指令还包括：通过途径中的基因之间的交互作用来视觉表示信息流、将所述信息流的所述视觉表示链接到针对临床医生的可行动信息、并且向所述临床医生输出所述信息流的所述视觉表示和被链接的可行动信息。

根据另一方面，非瞬态计算机可读存储介质具有存储在其上的计算机可读指令，所述计算机可读指令用于使用定义与基因表达、基因活性水平和信息流相关联的视觉元素的视觉语法(230)来将基因活性途径可视化以用于临床决策支持。所述指令包括：视觉表示跨多个群体的至少一个基因的基因活性水平；从验证途径数据库检索途径，其中，所述途径包括所述至少一个基因；并且视觉表示所述途径中的所有基因的基因活性水平。所述存储介质还包括用于以下的指令：通过途径中的基因之间的交互作用来视觉表示信息流、将所述信息流的所述视觉表示链接到针对临床医生的可行动信息、并且向所述临床医生输出所述信息流的所述视觉表示和被链接的可行动信息。

根据另一方面，一种使用定义与基因表达、基因活性水平和信息流相关联的视觉元素的视觉语法(230)来将基因活性途径可视化以用于临床决策支持的方法包括：视觉表示跨多个群体的至少一个基因的基因活性水平；从验证途径数据库检索途径，其中，所述途径包括所述至少一个基因；并且视觉表示所述途径中的所有基因的基因活性水平。所述方法还包括：通过途径中的基因之间的交互作用来视觉表示信息流，将所述信息流的所述视觉表示链接到针对临床医生的可行动信息，并且向所述临床医生输出所述信息流的所述视觉表示和包括至少一个治疗规划的被链接的可行动信息。

本领域一般技术人员在阅读和理解了下面的详细说明之后将意识到本发明的更进一步的优势。

附图说明

本发明可以采取各种部件和各部件的布置以及各种步骤和各步骤的布安排的形式。附图仅用于图示各方面的目的，并且不应被解释为对本发明的限制。

图1图示了帮助向临床医生提供用于临床决策支持的对基因活性途径的视觉表示的系统。

图2图示了一种在视觉上或以图形的方式为用户或临床医生将单个临床值(例如基因活性等)表示到三维(3D)空间的方法。