[发明专利]棉花耐盐EST-SSR分子标记

说明书

技术领域

本发明涉及分子标记领域，具体地涉及棉花耐盐EST-SSR分子标记。

背景技术

棉属(Gossypium L.)包含四个栽培种，即草棉(G.herbaceum),亚洲棉(G.arboreum),陆地棉(G.hirsutum)和海岛棉(G.barbadense),是世界上最重要的纺织纤维的来源，而其中绝大多数棉花产量来自陆地棉栽培种。经过长期的人类选育改良，现代陆地棉栽培种具备高产优质等诸多适合人类需要的优良特性；然而，人类选择这些优良性状的同时也导致了棉花遗传多样性的丧失。有研究表明，现代陆地棉基因库已经十分有限，陆地棉品种的开发面临着严重的遗传多样性的瓶颈。

遗传多样性狭窄提高了棉花基因库对生物和非生物胁迫的遗传脆弱性(genetic vulnerability)，即降低了其耐害能力。

盐害是沿海滩涂地区作物常见的非生物胁迫。为了加速盐碱地开发利用，就迫切需要能够适应高盐分生长的植物，并产生较好的经济效益，而棉花正是能够满足这种需要的特种经济作物。棉花耐盐性较强，是盐碱地的先锋作物。因缺乏高抗的陆地棉资源，棉花耐盐常规育种进展缓慢，不能满足生产的需求。许多野生棉及陆地棉的野生和半野生种系有耐盐的优良特性。利用远缘杂交将野生棉、半野生棉种系中的耐盐种质转育到陆地棉中，可以创造出丰产、优质、多抗的棉花种质供育种利用。

棉花的许多重要性状是由多基因控制的数量性状，这些微效多基因在染色体上的位置称为数量性状基因座（quantitative trait locus，QTL）。数量性状表现为连续变异，其遗传研究如数量性状的基因数目、染色体位置及效应，很难从性状本身的表型分布来确定。传统的数量遗传学只能借助数理统计方法，将复杂的多基因系统作为一个整体，用平均值和方差来表示数量性状的遗传特征，但无法区别单个QTL的效应、位置及相互作用，从而限制了数量性状的遗传操作和应用。

随着分子生物学技术的深入发展，利用DNA分子标记构建遗传图谱并开展QTL定位有了飞跃的发展。QTL定位即通过分析整个染色体组的DNA标记和数量性状表型值的关系，从而将QTL逐一定位到染色体的相应位置，并估计其遗传效应。随着分子标记的不断开发，棉花的遗传图谱日益饱和，棉花的QTL定位也在不断深入发展，在QTL定位的基础上标记辅助选择（Marker-assisted Selection,MAS）随之开展，这是DNA标记最重要的运用之一，可以为育种实践提供许多便利。

近十余年来基因组研究迅速发展，现有的棉花SSR标记是基于基因组序列或随机的EST序列开发而来，即来自基因组中随机选择的多态性位点，在QTL定位中具有较大的随机性。近年来，越来越多的不同棉种大规模的EST测序和公开释放（GenBank，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/），包括陆地棉(G.hirsutum)，雷蒙德氏棉(G.raimondii)，亚洲棉(G.arboreum)，海岛棉(G.arbadense)，草棉(G.herbaceum)。与此同时，也开展了大量的基于EST的SSR引物开发；然而未见专门针对耐盐EST的引物开发。虽然棉花的EST释放越来越多，但功能基因鉴定相对滞后，因此迫切需要开发棉花耐盐EST-SSR分子标记，提高分子标记辅助选择的效率，以发现更多的育种有利等位基因，并将这些有利的等位基因聚合在一起，从而实现更高效的育种。

发明内容

本发明的目的是开发棉花耐盐EST-SSR分子标记。

根据本发明的棉花耐盐EST-SSR分子标记，其对应引物的核苷酸序列如下所示：

根据本发明的具体实施方式，通过以下步骤开发了棉花耐盐EST-SSR分子标记：

(1)在拟南芥信息资源网站(The Arabidopsis Information Resource,TAIR,http://www.arabidopsis.org/)发掘耐盐基因序列，调取相应序列。

(2)将获取的拟南芥基因序列与棉花EST库(http://www.agcol.arizona.edu/cgi-bin/pave/Cotton/index.cgi)进行比对，找到对应的棉花转录组拼接序列（contigs）。