[发明专利]一种用于定量检测IKZF1基因突变的试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及一种用于定量检测IKZF1基因突变的试剂盒。

背景技术

Ph阳性白血病包括慢性髓性白血病(chronic myelogenous leukemia，CML)和某些急性淋巴细胞白血病(acute lymphoblastic leukemia，ALL),其始作俑者是Ph染色体导致的BCR-ABL1融合基因。然而，以BCR-ABL1为靶点的治疗对某些Ph阳性白血病却并不见效。最新研究发现，在这类白血病的发生及进展过程中，包括IKZF1基因缺失在内的其他遗传学因素的作用也不可忽视。

IKZF1基因编码一种具有锌指结构的转录因子蛋白，在淋巴细胞的分化和发育过程中起着重要的调控作用。IKZF1基因的下游产物Ikaros是淋巴细胞特异性转录因子。IKZF1基因缺失可导致Ikaros表达的不足、显性失活或完全丧失。

IKZF1突变主要见于ALL，约20%的儿童B-ALL、15～30%的成人B-ALL和5%的T-ALL患者有IKZF1突变。BCR-ABL1阳性B-ALL患者常伴有IKZF1基因突变，MLL相关融合基因阳性的ALL患者也可伴有IKZF1突变，约20%染色体核型正常的ALL患者中可检测到IKZF1基因突变。IKZF1突变发生于基因组水平，是ALL发病的一个重要促进因素，也是ALL患者独立的预后不良因素。IKZF1突变很少发生于髓性白血病，但约86%的CML患者急淋变时可检测到发生IKZF1突变，是CML患者急变的重要促进因素。

目前，检测IKZF1突变的方法主要为测序的方法，不能定量分析IKZF1突变的水平。

发明内容

本发明的一个目的是提供一种用于定量检测IKZF1基因突变的试剂盒。

本发明所提供的用于定量检测IKZF1基因突变的试剂盒，由引物对和探针组成，引物对的一条引物序列如SEQ ID No：1所示，另一条引物序列如SEQ ID No：2所示，探针的序列如SEQ ID No：3所示。

SEQ ID No：1和SEQ ID No：2所示引物对和SEQ ID No：3所示探针在制备定量检测IKZF1基因突变的试剂盒中的应用也属于本发明的保护范围。

上述技术方案中，所述IKZF1基因突变可为单纯的缺失突变，还可为缺失突变和插入突变并存，还可为缺失突变和替换突变并存；

以野生型IKZF1基因的全基因组序列(NCBI Reference Sequence:NT_079592.2)为参照物来描述该突变应当满足的条件，该突变必须满足如下条件：

1）缺失突变、插入突变或替换突变均发生在参照物的自5ˊ末端起第25185——76017位核苷酸之间；（参照物的自5ˊ末端起第25185——76017位核苷酸实际上位于参照物的第2内含子-第6内含子这段区域内）

2）在参照物的自5ˊ末端起第25185——76017位核苷酸之间，发生所述突变后，所剩余的DNA片段大小能够被SEQ ID No：1和SEQ ID No：2所述引物对扩增得到PCR扩增曲线。

本发明提供的引物对和探针，可以用于定量检测IKZF1基因突变水平，且简便、灵敏，从而用于血液肿瘤患者（特别是ALL白血病患者、CML急淋变患者）的辅助诊断、MRD监测、预后的评估等等，将在医学检测领域发挥重要作用。

附图说明

图1为IKZF1基因突变测序结果。

图2为标准曲线。

图3为对病人样本的灵敏度检测结果图。

具体实施方式

下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。

下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。

实施例1、检测IKZF1基因突变

一、检测样本

成人初诊为ALL306例，非霍奇金淋巴瘤(non-hodgkin's lymphoma,NHL)10例，慢性淋巴细胞白血病(chronic lymphoblastic leukemia，CLL)21例，诊断标准依据世界卫生组织新的分型标准。提取DNA的样本为上述患者的外周血或骨髓，均经过患者的知情同意。

二、测序方法检测IKZF1基因突变