[发明专利]安全测序系统有效
| 申请号: | 201280029284.6 | 申请日: | 2012-04-12 |
| 公开(公告)号: | CN103748236B | 公开(公告)日: | 2018-12-25 |
| 发明(设计)人: | B·沃格尔斯坦;K·W·肯斯勒;N·帕帕佐普洛斯;I·金帝 | 申请(专利权)人: | 约翰·霍普金斯大学 |
| 主分类号: | C12Q1/6869 | 分类号: | C12Q1/6869 |
| 代理公司: | 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245 | 代理人: | 赵蓉民;陆惠中 |
| 地址: | 美国马*** | 国省代码: | 美国;US |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 安全 系统 | ||
1.识别核酸序列中的突变的方法,包括:
将独特识别符(UID)核酸序列与多个分析物核酸片段中每个的第一末端连接以形成独特识别的分析物核酸片段;
丰余地测定独特识别的分析物核酸片段的所述核苷酸序列,其中测定的共享UID的核苷酸序列形成成员家族;
当所述家族成员的至少50%含有所述序列时,将核苷酸序列识别为准确代表分析物核酸片段;和
当准确代表所述分析物核酸片段的所述核苷酸序列不同于预期序列时识别突变,
其中所述方法不用于诊断目的。
2.权利要求1所述的方法,其中在所述丰余地测定的步骤之前,扩增所述独特识别的分析物核酸片段。
3.权利要求1所述的方法,其中当所述家族成员的至少70%含有所述序列时识别所述核苷酸序列。
4.权利要求1所述的方法,其中当所述家族成员的至少90%含有所述序列时识别所述核苷酸序列。
5.权利要求1所述的方法,其中当所述家族成员的100%含有所述序列时识别所述核苷酸序列。
6.权利要求1所述的方法,其中所述连接步骤通过聚合酶链反应进行。
7.权利要求1所述的方法,其中将第一通用引发位点与多个分析物核酸片段中每个的第二末端连接。
8.权利要求6所述的方法,其中进行至少两个循环的聚合酶链反应以便家族由独特识别的分析物核酸片段形成,所述独特识别的分析物核酸片段具有在所述第一末端上的UID和在第二末端上的第一通用引发位点。
9.权利要求1所述的方法,其中将所述UID共价地与第二通用引发位点连接。
10.权利要求7所述的方法,其中将所述UID共价地与第二通用引发位点连接。
11.权利要求10所述的方法,其中在所述丰余地测定的步骤之前,利用分别与所述第一和所述第二通用引发位点互补的一对引物扩增所述独特识别的分析物核酸片段。
12.权利要求9所述的方法,其中将所述UID与分析物核酸片段的5’末端连接和所述第二通用引发位点是所述UID的5’。
13.权利要求9所述的方法,其中将所述UID与分析物核酸片段的3’末端连接和所述第二通用引发位点是所述UID的3’。
14.权利要求1所述的方法,其中所述分析物核酸片段通过将剪切力施加给分析物核酸而形成。
15.权利要求6所述的方法,其中在所述丰余地测定的步骤之前,将所述独特识别的分析物核酸片段进行扩增,并且其中在所述扩增之前,将单链特异性外切核酸酶用于消化过多的引物,所述引物用于将所述UID与所述分析物核酸片段连接。
16.权利要求15所述的方法,其中在所述丰余地测定的步骤之前,将所述独特识别的分析物核酸片段进行扩增,和其中在所述扩增之前,将所述单链特异性外切核酸酶灭活、抑制或去除。
17.权利要求16所述的方法,其中所述单链特异性外切核酸酶通过加热处理来灭活。
18.权利要求15所述的方法,其中用于所述扩增的引物包括一个或多个使它们抵抗外切核酸酶的化学修饰。
19.权利要求15所述的方法,其中用于所述扩增的引物包括一个或多个硫代磷酸键。
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