[发明专利]学习预测复合物对标靶的影响有效

专利信息
申请号: 201280013276.2 申请日: 2012-02-14
公开(公告)号: CN103493057A 公开(公告)日: 2014-01-01
发明(设计)人: 阿马格汗·W·奈克;乔舒亚·D·坎加斯;克里斯托弗·J·兰米德;罗伯特·F·墨菲 申请(专利权)人: 卡内基·梅隆大学
主分类号: G06F19/00 分类号: G06F19/00;G06F17/30
代理公司: 北京集佳知识产权代理有限公司 11227 代理人: 唐京桥;李春晖
地址: 美国宾夕*** 国省代码: 美国;US
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摘要:
搜索关键词: 学习 预测 复合物 影响
【权利要求书】:

1.一种由一个或多个处理装置执行的方法,包括:

获得指示与标靶和复合物的组合相关联的实验的信息;

使用所述实验中的至少一个实验的结果来初始化所述信息;

基于初始化,生成模型以预测所述复合物对所述标靶的影响;

基于获得的所述实验和所述模型,生成针对待执行的实验的预测;

基于所述预测,从待执行的实验中选择一个或多个实验;

执行所述一个或多个实验;以及

使用所述一个或多个实验的执行的一个或多个结果来更新所述模型。

2.根据权利要求1所述的方法,其中,预测包括指示复合物被预测是否对标靶具有影响的值。

3.根据权利要求2所述的方法,其中,影响包括积极影响或消极影响。

4.根据权利要求3所述的方法,其中,选择包括:

从待执行的实验中选择相对于待执行的实验中的其它实验的其它影响的其它预测而言与增加的影响的预测相关联的实验。

5.根据权利要求1所述的方法,进一步包括:

重复生成预测、选择、执行和更新的行为,直到检测到预先定义的条件为止。

6.根据权利要求1所述的方法,进一步包括:

检索指示所述标靶和所述复合物的信息,

其中,获得包括:

根据获得的信息生成实验空间,其中,所述实验空间包括指示与所述标靶和所述复合物的组合相关联的实验的信息的视觉表示,并且

其中,更新包括更新所述实验空间。

7.根据权利要求1所述的方法,进一步包括:

检索指示所述复合物和所述标靶中的一个或多个的特征的信息,

其中,生成所述模型包括:

基于所述特征生成所述模型。

8.根据权利要求7所述的方法,其中,特征包括分子量特征、理论等电位点特征、氨基酸组成特征、原子组成特征、消光系数特征、不稳定指数特征、脂肪指数特征和亲水性总平均值特征中的至少一个。

9.根据权利要求1所述的方法,其中,生成所述模型包括:

不依赖于所述复合物和所述标靶的特征生成所述模型。

10.根据权利要求1所述的方法,

其中,复合物包括药物、药物的组合、核酸和聚合物中的一个或多个;并且

其中,标靶包括蛋白质、酶和核酸中的一个或多个。

11.一种由一个或多个处理装置执行的方法,包括:

获得指示与标靶和复合物的组合相关联的实验的信息;

使用所述实验中的至少一个实验的结果来初始化所述信息;

基于初始化,生成模型以预测所述复合物对所述标靶的影响;

基于所述标靶和所述复合物中的一个或多个的特征,并且根据获得的实验,选择一个或多个实验用于执行;

执行选择的所述一个或多个实验;以及

使用所述一个或多个实验的执行的一个或多个结果来更新所述模型。

12.一种或多种机器可读介质,其配置成存储指令,所述指令可由一个或多个处理装置执行,以执行包括以下步骤的操作:

获得指示与标靶和复合物的组合相关联的实验的信息;

使用所述实验中的至少一个实验的结果来初始化所述信息;

基于初始化,生成模型以预测所述复合物对所述标靶的影响;

基于获得的所述实验和所述模型,生成针对待执行的实验的预测;

基于所述预测,从待执行的实验中选择一个或多个实验;

执行所述一个或多个实验;以及

使用所述一个或多个实验的执行的一个或多个结果来更新所述模型。

13.根据权利要求12所述的一种或多种机器可读介质,其中,预测包括指示复合物被预测是否对标靶具有影响的值。

14.根据权利要求13所述的一种或多种机器可读介质,其中,影响包括积极影响或消极影响。

15.根据权利要求14所述的一种或多种机器可读介质,其中,选择包括:

从待执行的实验中选择相对于待执行的实验中的其它实验的其它影响的其它预测而言与增加的影响的预测相关联的实验。

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